生信Log28|Docker镜像制作及常用管理命令&在镜像内激活conda虚拟环境

事实上Dockerfile仅仅是一个配置和存储了Docker建立步骤的文件，用来构建镜像用的，并不是镜像或者容器的本身。Dockerfile记录了容器中需要安装的软件，挂载目录之类的信息。这篇日志记录了怎么在镜像中创建conda的虚拟环境并进到环境中，安装和启动软件，还有一些Docker的日常管理命令

1、Docker常用的管理命令（查看镜像/删除镜像）

• 查看已有的docker镜像

#查看已有的docker镜像
docker images

• 删除已有的docker镜像，有冲突的时候需要加上"-f"进行

docker rmi -f image_ID

• 根据tag 删掉None的镜像

docker rmi -f NONE:NONE #docker的规定是REPOSITORY[:TAG]去查找

• 命令筛选

docker images --filter "dangling=true"

• 批量删除TAG为NONE的镜像（docker官方文档）

docker rmi $(docker images --filter "dangling=true" -q)

• 查看docker镜像运行的服务

docker -ps 

####这是上面的命令打印出来的信息
CONTAINER ID   IMAGE                         COMMAND                  CREATED        STATUS                 PORTS                    NAMES
47286425917f   mysql/mysql-server:5.5        "/entrypoint.sh mysq…"   3 hours ago    Up 3 hours (healthy)   0.0.0.0:3306->3306/tcp   mysql
0e1fd5666c2c   gitlab/gitlab-runner:latest   "/usr/bin/dumb-init …"   3 months ago   Up 3 months                                     gitlab-runner

• 停止docker的服务

docker stop CONTAINER_ID #或者可以是--name的这个参数

• 重新启动docker的容器服务

docker start CONTAINER_ID

• 重启前，需要删除镜像ID或者镜像的名字，否则会报错说容器已存在

docker rm CONTAINER ID 

• 容器闪退之后查看日志的命令

docker logs CONTAINER ID

2、利用Dockerfile制作docker镜像（images）

• Dockerfile里面记录了要安装的软件以及安装的步骤

2.1 Dockerfile的准备

• 在网上找了一个bowtie2的Dockerfile演示

  
  
  Bowtie2 Dockerfile拆解

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• 这WORKDIR具体指的是什么地方？COPY 复制的是什么内容？
• workdir指的是镜像里面的文件夹位置
• COPY可以将外面的软件拷到镜像里面

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2.2 在Dockerfile中创建和激活conda 环境

思路主要是先创建环境，并将activate的命令放到bashrc中，通过重新登录bash。才可以实现。

为什么不能直接conda init bash呢，这是因为需要有一个已经登录了的bash环境才能实现

RUN echo "conda activate meta" >> ~/.bashrc
SHELL [ "/bin/bash", "--login", "-c" ] 

• 另外一个方法：用conda run -n env_name

 #conda run实际上就是conda自带的一个功能，可以通过指定yaml（打包虚拟环境的文件）来实现
 conda run -h
 
 #用法
 conda run -n env_name.yaml

• 注意点：这个Dockerfile的名字必须就是Dockerfile 不能是其他的什么Meta_dockerfile，Docker会找不到它的位置

创建镜像

docker build -t image_name .  #这个"."是/Path/to/Dockerfile Dockerfile在的位置

其他

• 一个Dockerfile里面可以有多个FROM的镜像

• 出现了不兼容的情况：glibcxx出错（https://stackoverflow.com/questions/69734128/unable-to-install-gdc-client-in-the-conda-environment，https://wenku.baidu.com/view/f7672273322b3169a45177232f60ddccda38e68c.html）__

• 实现的原理是，用新的bash覆盖旧的bash环境

• docker的每个run都是一个新的bash环境（这些RUN命令之间是不会有参数继承的都是独立的）

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参考

Docker教程

Docker官方文档

在Dockerfile中激活环境

[Docker Trainning] https://docs.dockstore.org/en/develop/docker_instructions.html#part-a-running-container

[conda acitivate in docker] https://pythonspeed.com/articles/activate-conda-dockerfile/