实用的科研图形美化处理教程分享
实用的科研图形美化处理教程分享
显微照片排版标记
除了统计图表之外，显微照片也是文章中必不可少的实验结果呈现方式。除了常规实验的各种组织切片照片，在空间转录组文章中显微照片更是常见。显微照片的呈现方式也是有讲究的，比如对照片的局部区域进行裁剪放大、在照片上添加ROIs (regions of interest)或Overlays, 如矩形、箭头、文本标签、标尺等。
一般而言，对于位图的处理需要使用专门的位图编辑软件，比如image J、Photoshop等，不过对于科研照片，我们被允许做的处理很有限，一般来说使用PPT、Ai(Adobe illustrator)就够了。
使用矩形工具和直线段工具（或钢笔工具）可以实现显微照片的局部放大效果，如下图。
详细教程：
《学术大牛文章的显微照片是如何编辑的？》
结构式与热图的组合
在一些学术大佬的文章中，包含热图的代谢通路图（如下图）还是比较常见的。绘制这样的组合图表，还是需要一点心思的。我们需要分别绘制分子结构式和热图，然后直接使用Ai（Adobe illustrator）将它们组合在一起，最后保存成画质更好的矢量图。
通过文件/置入将热图导入到当前画板上，按住shift键等比例调整热图的大小。然后选中热图，右键，执行取消编组，直至可单独操作热图的每一个方格。然后就可以使用小黑工具框选相应基因对应的热图网格，移动到通路图上相应的位置，如下图。需要注意的是，画热图时先对基因排序，这样可以轻松选取目标模块。
详细教程：
《如何绘制结构式与热图的组合通路图？》
3
进化树与热图的组合
进化树的构建这里使用MEGA，调整完成后，导出PDF或SVG格式的矢量图。热图的绘制，可以使用OmicShare的动态热图工具，调整满意后下载图形，注意保存成svg格式的矢量图。
接下来需要在Ai（Adobe illustrator）中做后面的组合操作，先用Ai打开进化树图，并使用矩形工具添加渐变底色，用画板工具调整画板的宽度，使画板的宽度适合并排放入两个图，然后导入热图，对其进行对齐。
详细教程：
《如何绘制好看的进化树与热图组合图？》
4
漂亮的花瓣韦恩图
首先，使用ggVennDiagram包绘制韦恩图，保存成PDF格式的矢量图。然后用Ai（Adobe illustrator）为每个分组的“独有”区域添加相应的分组渐变色，并添加对应子集的OUT（或基因）数量。
绘制效果如下：
详细教程：
《如何绘制像花一样好看的韦恩图？》
5
图表添加小图形
相比于文字，图像的信息量更大，更加直观。因此，在科研图表绘制中，很多巨佬绘制图表时会加入”图像“元素。一般来说，先用常规的科研绘图软件绘制图表，然后再使用Ai（Adobe illustrator）将文字标签替换为“图形”。
绘图效果：
详细教程：
《与科研巨佬的图表相比，我的差在哪里？》
6
渐变底色进化树
在文献里经常会遇到非常好看的进化树，为了区分不同的Cluster，一般会添加渐变底色，并用图形替代文字，直观明了且颜值极高。绘制方法是，先使用MEGA完成进化树的构建，导出SVG或PDF格式的矢量图，然后通过Ai（Adobe illustrator）添加渐变底色。
最终的效果如下：
详细教程：
《如何绘制漂亮的进化树？》
7
高颜值的网络热图
首先，使用OmicShare的动态网络热图工具绘制网络图热图，调整满意后导出SVG格式图片后使用Ai（Adobe illustrator）进性了进一步美化，主要对分组标签的位置做了调整，并将连线两端的结点置于顶层，修改结点、图例中短线的颜色。
最终的效果如下：
详细教程：
《推荐一个绘制Science网络热图的在线工具》
8
环状分类树图
首先，使用ggraph对数据进行树状图的绘制，比较遗憾的是，暂时还没有可以调整边（edge）颜色的方法，我这里只能导出为PDF格式的矢量图，使用Ai(Adobe illustrator)的魔棒工具对边的颜色进行快速调整。
调整后的效果如下：
详细教程：
《如何绘制“易碎感”的树状图？》
9
组合热图的绘制
首先，使用OmicShare的动态热图工具绘制热图，使用常规作图软件绘制条形图，然后导出为PDF格式的矢量图。然后就可以在Ai（Adobe illustrator）中进行图表的组合了，并使用矩形工具和文字工具绘制分类图例，图例中的正方形可用吸管工具吸取注释颜色条的颜色。
当然，我们还可以选中条形图和注释颜色条后，使用重新着色图稿功能对配色进行进一步调整，最终的效果如下：
详细教程：
《不用代码，如何绘制好看的组合热图？》
10
互作机制示意图
在文献中经常会看到这样一类分子、组织等相互作用机制示意图，一般出现在文章的摘要或总结部分，使研究内容看起来非常系统。这类机制示意图是文章内容的核心，几乎是高分文章必备的。
想绘制出这样的机制示意图，一般的办公软件比如PPT也能实现，只要会画圆角矩形以及各种样式的折线、虚线箭头就可以了。不过我这里推荐使用功能更强大效率更高的Ai（Adobe illustrator）进行绘制。
最后的绘制效果如下：
详细教程：
一类分子、组织等相互作用机制示意图，一般出现在文章的摘要或总结部分，使研究内容看起来非常系统。这类机制示意图是文章内容的核心，几乎是高分文章必备的。
想绘制出这样的机制示意图，一般的办公软件比如PPT也能实现，只要会画圆角矩形以及各种样式的折线、虚线箭头就可以了。不过我这里推荐使用功能更强大效率更高的Ai（Adobe illustrator）进行绘制。
[外链图片转存中…(img-enUIG8CX-1696844286385)]
最后的绘制效果如下：
[外链图片转存中…(img-mlo6bvlN-1696844286385)]
详细教程：
《如何绘制互作机制示意图？》