单细胞转录组基础分析(1)：分析环境搭建

以下内容部分引用自

• 生信会客厅
• 单细胞天地

硬件配置
10X Genomics单细胞数据分析对电脑硬件配置要求比较高。上游分析软件Cell Ranger最低配置要求8核CPU+64G内存，推荐配置为16核CPU+128G内存，这显然不是个人电脑可以胜任的。下游分析使用R语言Seurat包时，10000个细胞的表达矩阵，8G内存的电脑就不能应付了。因此没有服务器的同学不用考虑上游分析，仅做下游分析最低也要16G内存的电脑。

---

1 R及Rstudio安装

安装过程参考我的笔记：
R.002 Windows环境R语言安装及镜像设置

2 R基础学习

R语言实战笔记
R数据科学笔记

3 R包配置

# 安装基础包
install.packages("devtools", dependencies=T)
install.packages("BiocManager", dependencies=T)
install.packages("tidyverse", dependencies=T)
install.packages('Seurat', dependencies=T)
# 设置国内镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.cloud.tencent.com/CRAN/")) 
options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl') 
# 使用BiocManager安装分析包
BiocManager::install(c("SingleR","monocle", "DESeq2"),ask = F,update = F) 
BiocManager::install(c("clusterProfiler","DOSE","pheatmap"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","org.Mm.eg.db","org.Rn.eg.db"),ask = F,update = F)
devtools::install_github('RGLab/MAST', upgrade=F, build_vignettes = T)

---

Reference

单细胞转录组基础分析一：分析环境搭建