三十六策 第 15 策 一元三形

三十六策 第 15 策 一元三形

三十六策 第 15 策 一元三形

分子+分子+分子

内在要解决的二元搭配逻辑关系只有 4 种：

1. 已知药物怎么找分子

2. 已知药物怎么找通路

3. 已知分子怎么找通路

4. 已知分子怎么找上下游的分子。

先下后上，即先做下游，后做上游。

主变量介导表型的单变量，加上主变量调节下游因变量和上游因变量调节主变量的 2 组调控关系，再加上围绕主变量的 2 组Rescue，还有上下游分子间直接作用机制的 2 组模式，一共 7 条。

例子

在特定疾病中老鼠可消耗大米导致人出现饥饿的表型，而猫这个变量可显著抑制这一 效应。这很显然是三元变量，上游分子设定为猫，中间这个主变量分子是老鼠，下游这个分子设定为大米，表型是人饿不饿。

研究的背景是，疾病中大量研究已经表明米的多少和人会不会挨饿的表型是密切相关的，研究者的创新发现是老鼠跟人饿不饿有关系。

这是单变量研究，把鼠过表达以及沉默，观察人饿不饿的表型。第一步先得到结论，老鼠能够促进人饥饿。（表达差异，正反回复，细胞动物）

第二步先下后上，先往下游走证明鼠跟米有调控关系。具体做法是增加老鼠，检测大米，果然大米变少了，结合之前的研究结果这时候人是饿的，那么推论是老鼠可能通过调节大米影响人饿的表型。（这里鼠的一正一反可以简化论证，研究的是二元变量间的调控作用，证明了老鼠跟大米有关系。）

第三步往上走，证明猫跟鼠的关系。加猫或者减猫选一个操作观察老鼠的变化，顺带还要检测米的变化。这里做上游的时候也需要验证一下下游变量的变化趋势是否一致，才比较合乎逻辑要求。

三步做完，下面还有两步Rescue。Rescue也可以简化论证只做一边。

先做下游环节的回复，可以沉默鼠加沉默米，观察人饿不饿的表型。因为老鼠对米是负调节作用，沉默鼠的情况下，米是增加的，这时候rescue应该沉默鼠+沉默米。围绕主变量做对疾病有治疗效果的方向，比如沉默鼠就有利于缓解人饿的表型，那么优先用沉默主变量的策略做 rescue，这在逻辑上更完美。

另外一组Rescue是针对上游的，加猫进去同时加一批老鼠，看大米的变化并观察人饿表型。推荐用加猫策略，因为猫和鼠也是负调节关系，加猫同时加鼠是Rescue。前面一步rescue对主变量用了减鼠策略，这一步rescue对主变量用加鼠策略，这样就有一正一反的双向rescue验证效果，这在逻辑上也会更完美

主变量居中，下游一个因变量，上游一个因变量，两个因变量围绕主变量解答从哪来到哪去的问题，这是标准的三元结构。在多元变量里，围绕主变量的三元才是真正的逻辑核心，其他内容都是支线剧情，主次有别、化繁为简。

看到文章

先把主变量识别出来，一篇文章有且只有一 个主变量，这是逻辑要点。

围绕这个主变量，谁是它的直接下游?或者说最近的间接下游; 谁是它的上游?其他的上游的上游、下游的下游，统统划归支线任务，可以采取简化的论证模式来处理。

1. 支线只需要验证调控关系，一般不做 Rescue;

2. 如果是已有报道的变量关系，常规引用文献就可以了， 可以省略论证步骤。

基因的表达调控具体分为五个层次:

1. DNA 水平;

2. 转录水平也就是 RNA 水平;

3. 转录后水平因为 RNA 有修饰、剪切;

4. 翻译水平，也就是蛋白水平;

5. 翻译后水平，也就是蛋白翻译后的修饰调控。

五个水平都可以最终引起蛋白功能的改变，不是只有表达高了低了才有功能变化， mRNA 和蛋白的构象改变、加基团修饰、形成复合体，都可以引起功能的随之改变。所以当思考一个分子介导的功能，上游有什么驱动因素的时候，可以从 5 个层次来梳理，都是有可能走通的。如果研究的主变量是一个转录因子，就会想着找下游能结合的启动子;当的主变量是一个miRNA，就会想着找目的基因的3’UTR;当主变量是个激酶或者磷酸酶，就会想着找下游蛋白磷酸化或者去磷酸化调控位点。了解主变量的分子类型是很重要的，类型决定了机制研究的方向和套路。

梳理

看一篇基础研究的文章能发多高

• 第一个判断标准是有机制还是没机制，这是三分上下的分界线。

  • 如果是单变量无机制的研究，就算主变量非常的创新，工作量很扎实，数据有来自于标本的、细胞的、动物的全都做到位了，过三分也还是很难，没有量变到质变。

• 机制研究是上三分的门槛，其中最简单的机制是通路间接作用，二元变量关系，这种逻辑层次发文的区间在3-6分，跨度还是不小的，因为过没过5分看起来有明显的代差。

  • 在这个区间里具体落在什么位置，要看文章的创新能力和数据完整度。

  • 比如主变量不是很新颖，跟表型的关系之前在别的疾病有过报道，移植过来后表型重复一下机制找别人没有报道过通路，数据几个维度都做到位，那么大概是4分，过5分很难但上3分是稳的。

• 想稳定地达到五分以上，研究中一定要涉及变量间的直接调控机制，主要是分子调节分子的内容。

  • 分子机制足够深入细致的情况下，哪怕主变量与表型的关系并非原创，也一样可以发到高分。

• 七八分、十来分这种某领域内权威的期刊上有很多这样的套路文章。数据详实，工作量大，机制做得深，机制的内容是完全原创的，这样的做法也能到一阶文献顶峰甚至跨入二阶。

评价一篇文章水平高低有4条逻辑标准:

1. 主变量创新，主要是跟表型之间没有报道，是完全没有线索的原创还是已经有其他研究提示可以推测得到的微创新，在质量上明显不同;

2. 机制创新，涉及主变量和因变量之间的调控关系是否别人已经报道，好文章这一点必须原创，不能借鉴;

3. 机制的深度，是间接还是直接，间接的瓶颈就是5分上下，而直接可以从5分起步;

4. 数据的规范性，是否该做的实验都做到了，没有偷懒。同一个问题用不同的实验相互佐证，推导结论的证据做得严谨可靠，符合套路规范。一句话:创新和工作量缺一不可。

总结

以猫-鼠-米为例，探讨了7个步骤的三元变量论证模式。猫可以调鼠，鼠可以调米，猫可以调米，这是两两组合的三步。然后是两步Rescue:1)猫鼠双操作，看表型;2)鼠米双操作，看表型，这就5步了。还有两步，探讨猫和鼠的调控细节;鼠和米的调控细节。具体到猫和鼠，或者鼠和米这种分子间直接相互作用的时候，要从5个水平来考虑套哪一种调控模板，有基因水平DNA、转录水平RNA、翻译水平蛋白、以及转录后和翻译后的5个层次，都能对基因表达和功能产生影响。这其中上游分子是RNA还是蛋白，以及它调节的靶分子是在DNA，还是RNA，或者蛋白水平，研究的方法是不一样的，要分门别类加以整理和学习。