2020-02-09 tRNAscan-SE使用说明（转运RNA预测）

参考：

tRNAscan-SE使用说明https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/77853662

注意，这个软件是直接通过conda安装的

conda install trnascan-se -c bioconda

安装好之后直接可以使用

对于trnascan-se的使用也非常简单

tRNAscan-SE -B -o 108tRNA.out -f 108tRNA.ss -m 108tRNA.stats XXXXXX108.fas

-A 适合于古细菌。该参数选择了古细菌特异性的covariance model(cm)，同时稍微放宽了 EufindtRNA 的 cutoffs。

-B 适合于细菌。默认情况下，不选择，-A -B -G 或 -O 参数，则适合于真核生物。

-G 适合于古细菌，细菌和真核生物的混合序列。该参数使用 general tRNA covariance model。

-O 适合于线粒体和叶绿体。选择该参数，则仅使用 Cove 进行分析，搜索速度会很慢，同时也不能给出 pseudogenes 检测。

此外，还有一些参数设置（除此之外，还有其他）：

-i 使用 Infernal cm analysis only。该参数设置后，需要 cmsearch 命令，但是 tRNAscan-SE 软件包中貌似没有该程序，最终无法运行。

-C 仅使用 Cove 进行 tRNA 分析。虽然从一定程度上提高了准确性，但是会极慢，当然不建议了。

-o 将结果保存到文件。

-f 将 tRNA 的二级结构结果保存到文件

-m 将统计结果保存到文件。

注意：使用时很简单，在任何目录下都可，但是输入的fasta文件目录要指明。(但是当我想要省事不mv的时候，发现出错了，所以还是老老实实在要处理的文件下执行，最后把生成的文件mv到指定目录即可）