利用R语言做基因表达图RT-qPCR(一)：数据的准备及整理

1、对数据进行整理。将Cq值按照下列格式，在excel中整理好，并将其另存为Cq.csv。

注：NA，表示没有Cq值。

2、计算基因的Cq的平均值及SD

setwd("D:/R/data")  ##设定数据所在的路径。
Gene.cq <- read.csv("Cq.csv")  ##读取数据到内存。
library(plyr) ##调用程序
Gene.mcq <- ddply(Gene.cq ,c("Target","Sample"),summarise,Wm=mean(Cq),sd=sd(Cq),n=length(Cq))

Gene.mcq

得到这样的结果后，我一般是用excel来计算deltaCq。