风风是超人
风风是超人

提取目标区域的bam文件，拆分bed文件，bed区间深度

提取bed区间内的reads

samtools view -bh -L target.bed bamfile.bam > target.bam

samtools view -hb  bamfile.bam chr:start-end  > target.bam

对bed区间进行window拆分

# 以300K为窗口，每个窗口间隔100K 分割bed
bedtools makewindows -g wgs.bed.txt -w 300000 -s 100000 > windows300k_step100k.bed

wgs.bed.txt
提取目标区域的bam文件，拆分bed文件，bed区间深度_第1张图片

计算bed区间的深度，返回区间内覆盖碱基数

samtools bedcov yourbedfile.bed file1.bam

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