用IGV判断NGS链特异性

现在很多人都从NCBI上下载高通量测序的SRA文件重新分析利用，想要更加准确地利用这些数据，首先要明确SRA的特征。测序的目的是一方面，建库的类型是一方面，链特异性也是很重要的一方面。

为了明确是不是链特异性的测序，当然可以问作者，但是由于各种原因，我们常常没办法得到这一信息。参考 37、链特异建库 - 风中之铃 - 博客园 的文章，我也做了一下尝试。

首先是下载安装IGV，下载地址为：Downloads | Integrative Genomics Viewer。建议windows朋友下载第2个，自带java，解压即可使用。

解压后需要参考文件.fa，和注释文件.gtf或者.gff文件。前者可以IGV的load genome from server下载，但是速度太慢（可能是我网速问题），也可以参考 转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释 - 弗雷塞斯 - 博客园 文章，从UCSC上下载，自行制作。后者可以从gencode（GENCODE - Home page）下载与.fa文件对应的gtf版本。下载的.gtf文件需要用IGV tools的sort功能排序后才可导入。

然后用samtools将STAR比对的sam文件转换为bam文件，排序后（samtools sort A.bam）建立索引（samtools index A.bam）。

最后将bam文件导入IGV，通过first of pair strand来判断链特异性情况。

本文仅为记录学习过程，欢迎批评指正。

选项

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