公开数据库纯生信：炎症相关基因预后分析

今天是愚人节,小编提醒大家可千万不要相信别人的话。除非导师跟你说不要错过生信人今天的分享!

去年给大家介绍了一个数据库ncRI，收集了大量炎症中的非编码RNA。数据库的简介和使用这里就不赘述了。今天为什么提到这个呢？因为到目前为止，好像还没有人基于这个数据库的数据进行挖掘和发文。通过阅读今天这篇文章，小编发现这个数据库能派上大用场。具体如何有效利用，且让我们先看看今天这篇研究炎症反应相关基因的文章。

文章三月份发表在Frontiers in Oncology（IF: 4.848）。

生信人提供新颖、可复现 生信分析  

An Inflammatory Response-Related Gene Signature Can Impact the Immune Status and Predict the Prognosis of Hepatocellular Carcinoma

炎症反应相关基因特征可以影响肝癌免疫状态和预测预后

一、摘要：

炎症和癌症之间的联系是众所周知的。炎症的发生和癌症发展中的作用一直是人们的研究。炎症可促进癌症或者抑制癌症。在这项研究中，作者从公共数据库下载了HCC患者的mRNA表达谱和相应的临床数据。然后，作者在TCGA队列中构建了与炎症反应相关的差异表达基因（DEG）的预后模型，并通过ICGC队列验证了模型的稳定性和可靠性。作者通过进一步进行功能富集分析，探讨其潜在机理。此外，作者分析了预后基因表达与免疫浸润类型之间的关联，调查了预后基因表达与肿瘤干性和癌症化学耐药性之间的关系。最后，通过实验验证了肝癌组织和邻近的非肿瘤组织之间预后基因的mRNA和蛋白表达。

流程图：

二、材料方法：

TCGA，ICGC，LASSO，PCA，t-SNE，GSEA，CellMiner，qRT-PCR，IHC

三、结果：

1.识别TCGA队列预后炎症相关DEG

图1.识别TCGA队列潜在炎症反应相关基因

2.TCGA队列中构建预后模型与ICGC队列验证

图2.TCGA与ICGC队列8基因模型预后分析

3. 8-基因特征的独立预后价值

图3.cox分析与ROC

4.预后模型评分与临床特征

图4.不同临床特征分组间风险评分

5.免疫状态与肿瘤微环境分析

图5.不同风险评分组间免疫状态与肿瘤微环境

图6.不同风险评分组间免疫检查点基因表达

6.生物学功能与通路分析

图7.生物学功能与通路基因集富集分析

7.预后基因表达与癌细胞对化疗的敏感性

图8.预后基因表达与药物敏感性相关性

8.通过qRT-PCR和IHC验证HCC组织和相邻的非肿瘤组织之间的预后基因表达

图9.实验验证HCC和邻近非肿瘤间预后基因表达

总结：

文章基于炎症反应相关基因，构建了预后模型，并且对预后基因做了实验验证。按理来说，干湿结合的文章，怎么着都能轻松到5的，确实有点可惜。回到正题，ncRI数据库该如何有效利用。其实仅仅以炎症反应基因分析预后，已经是比较合适的思路了。但是，如果是基于数据库中收集的基于实验验证的非编码RNA展开分析，在新颖度上，可以更上一层楼。有条件补上功能实验的，文章水平绝对不会低。

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