4. 标记的开发和分型

1.不同标记开发方法的比较

2.基因型过滤

• 按分型百分比条件过滤：多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，样本量大的群体中，缺失率阈值可以调整到50%。
• 按等位基因频率过滤：通常去除第二等位基因频率（MAF）小于5%的位点，样本量较大的群体中可以降到1%。
• 多等位位点的过滤：这个过滤是因为多数软件（群体结构、关联分析等）只接受二等位位点。
• 基因型异常样本的去除：个别缺失率或杂合率比较高的材料应当去除。
• 哈迪温伯格平衡过滤：一般无法使用较为复杂的统计模型的情况使用，动植物中一般不进行过滤。

具体过滤方法，见vcftools基础用法：
vcftools安装及基础用法 - (jianshu.com)

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