GDC Data Transfer Tool 下载TCGA数据

一、GDC Data Transfer Tool下载

• GDC Data Transfer Tool是TCGA官方基于python开发的下载程序，在TCGA官网GDC部分可以找到：https://portal.gdc.cancer.gov
  
  
  

• 根据自己的操作系统下载

  
  

二、运行GDC Data Transfer Tool（Windows操作系统）

• 将下载下来的压缩包进行解压缩，得到gdc-client.exe。将MANIFEST.txt文件和gdc-client.exe放在一个文件夹下。

• 在该文件夹空白处，点击鼠标右键同时按键盘的shift键

  
  

• 点击 在此处打开命令窗口，进入终端

  
  
• 输入gdc-client download -m MANIFEST.txt （注：-m 后加的是下载好的manifest文件，需要改成自己的文件名。还可以在后方加--latest，表示最新文件数据，下载临床数据的时候比较方便）,按Enter键，开始下载。

gdc-client download -m MANIFEST.txt 
#or
gdc-client download -m MANIFEST.txt --latest

• 开始下载的界面：

  
  
• 有时候网络不好下载会中断，可以重新进入终端输入相同命令，该程序支持断点下载，会继续从下载中断的地方往后下载。