一、hic-pro是什么，参考网页：
[GitHub] https://github.com/nservant/HiC-Pro
[DOCUMENTATION] http://nservant.github.io/HiC-Pro/
hic pro 将下机的fastq文件
SRR400264_00_R1.fastq.gz
SRR400264_00_R2.fastq.gz
处理成有互作的
dixon_2M.allValidPairs
然后用转化为可视化的.hic文件（for juicer ）
二、install
The HiC-Pro pipeline requires the following dependencies :
- bowtie2 mapping工具
- Python (>2.7) with pysam (>=0.8.3), bx(>=0.5.0), numpy(>=1.8.2), and scipy(>=0.15.1) python的库
- R with the RColorBrewer and ggplot2 两个R包
- g++ compiler
- Samtools (>0.1.19)
Bowtie >2.2.2 is strongly recommanded for allele specific analysis.
To install HiC-Pro (>=2.7.8):
tar -zxvf HiC-Pro-master.tar.gz
cd HiC-Pro-master
## Edit config-install.txt file if necessary
make configure
make install
注意编辑
config-install.txt 和config-system.txt的时候，最好which 上面的依赖位置。
三、参考文件
需要三个参考文件，两个
/PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/annotation
chrom_hg19.sizes
chrom_mm10.sizes
HindIII_resfrag_mm10.bed
HindIII_resfrag_hg19.bed
1.根据限制性内切酶消化的参考基因组信息 .bed文件
head HindIII_resfrag_hg19.bed
chr1 0 16007 HIC_chr1_1 0 +
chr1 16007 24571 HIC_chr1_2 0 +
chr1 24571 27981 HIC_chr1_3 0 +
chr1 27981 30429 HIC_chr1_4 0 +
chr1 30429 32153 HIC_chr1_5 0 +
chr1 32153 32774 HIC_chr1_6 0 +
chr1 32774 37752 HIC_chr1_7 0 +
chr1 37752 38369 HIC_chr1_8 0 +
chr1 38369 38791 HIC_chr1_9 0 +
2.染色体大小的表格文件
head chrom_hg19.sizes
chr1 249250621
chr2 243199373
chr3 198022430
chr4 191154276
chr5 180915260
chr6 171115067
chr7 159138663
chr8 146364022
chr9 141213431
chr10 135534747
（…………）
3.bowtie2 indexes
不细说
四、用法
#test
HiC-Pro -i /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/test-op/hicpro_latest_test -c /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/HiC-Pro_2.11.1/test-op/config_test_latest.txt
先编辑config-hicpro.txt 每个任务，对应一个config文件
看一下config文件是什么？
# Please change the variable settings below if necessary
#########################################################################
## Paths and Settings - Do not edit !
#########################################################################
TMP_DIR = tmp
LOGS_DIR = logs
BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results
MAPC_OUTPUT = hic_results
RAW_DIR = rawdata
#######################################################################
## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!
#######################################################################
N_CPU = 2
LOGFILE = hicpro.log
JOB_NAME =
JOB_MEM =
JOB_WALLTIME =
JOB_QUEUE =
JOB_MAIL =
#########################################################################
## Data
#########################################################################
PAIR1_EXT = _R1
PAIR2_EXT = _R2
#######################################################################
## Alignment options
#######################################################################
MIN_MAPQ = 10
BOWTIE2_IDX_PATH =
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
#######################################################################
## Annotation files
#######################################################################
REFERENCE_GENOME = hg19
GENOME_SIZE = chrom_hg19.sizes
#######################################################################
## Allele specific analysis
#######################################################################
ALLELE_SPECIFIC_SNP =
#######################################################################
## Capture Hi-C analysis
#######################################################################
CAPTURE_TARGET =
REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1
#######################################################################
## Digestion Hi-C
#######################################################################
GENOME_FRAGMENT = HindIII_resfrag_hg19.bed
LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT
MIN_FRAG_SIZE =
MAX_FRAG_SIZE =
MIN_INSERT_SIZE =
MAX_INSERT_SIZE =
#######################################################################
## Hi-C processing
#######################################################################
MIN_CIS_DIST =
GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1
GET_PROCESS_SAM = 0
RM_SINGLETON = 1
RM_MULTI = 1
RM_DUP = 1
#######################################################################
## Contact Maps
#######################################################################
BIN_SIZE = 20000 40000 150000 500000 1000000
MATRIX_FORMAT = upper
#######################################################################
## Normalization
#######################################################################
MAX_ITER = 100
FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02
FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0
EPS = 0.1
需要修改的地方：
#######################################################################
## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!
#######################################################################
N_CPU = 2
LOGFILE = hicpro.log
JOB_NAME =
JOB_MEM =
JOB_WALLTIME =
JOB_QUEUE =
JOB_MAIL =
BOWTIE2_IDX_PATH =
#######################################################################
## Digestion Hi-C
#######################################################################
GENOME_FRAGMENT = HindIII_resfrag_hg19.bed
LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT
MIN_FRAG_SIZE =
MAX_FRAG_SIZE =
MIN_INSERT_SIZE =
MAX_INSERT_SIZE =
注意一个细节：
/PATH/TO/HiC-Pro/HiC-Pro_2.11.1/test-op/hicpro_latest_test
├── dixon_2M
│ ├── SRR400264_00_R1.fastq.gz
│ └── SRR400264_00_R2.fastq.gz
└── dixon_2M_2
├── SRR400264_01_R1.fastq.gz
└── SRR400264_01_R2.fastq.gz
HiC-Pro
### -i 需要输入input文件夹，要按照上面那个格式，将 hicpro_latest_test 作为input目录，下面可以加入样品分组目录。
-i /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/test-op/hicpro_latest_test
-c /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/HiC-Pro_2.11.1/test-op/config_test_latest.txt
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