查询一个基因启动子区域的CpG岛

查询某一基因启动子区域的CpG岛，一般有两种方法：一种是查文献，看您关注的基因，别人做的CpG岛是哪些，这个对自己选择位点有指导作用；另一种是UCSC数据库中查找，这种方法可以直接将该基因启动子区域的CpG岛信息都获取下来。

我们建议两种方法结合起来，用UCSC查询出某基因启动子区域所有的CpG岛，参考别人的研究，最终确定自己想要研究的甲基化位点。

以EPB41L1为例，为大家展示一下获取基因启动子区域CpG岛信息的操作流程。

1. 打开UCSC（http://genome.ucsc.edu/），点击Human GRChg38/hg38，如下图：

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2. 在空白框内输入“EPB41L1”，同时下拉箭头到 “regulation” 那一行，在下面 CpG Island的选择框中选择“show”，然后点击go；

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**3. **接着，得到如下界面，在UCSC 上可以，看到EPB41L1这个基因内部和基因附近有4个CpG 岛，分别用红色框出来了。

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EPB41L1在基因组中的坐标为：chr20:36091504-36232799

CpG 85 在基因组中的坐标为：chr20:36064533-36065578，其位于基因上游25926 bp 处；

CpG 178 在基因组中的坐标为：chr20:36092082-36093626，其位于基因起始处；

CpG 45 在基因组中的坐标为：chr20:36154402-36154787，其位于基因内部；

CpG 29 在基因组中的坐标为：chr20:36236366-36236700，位于基因下游6569 bp 处。

我们综合看一下这四个CpG岛：

CpG 85 虽然位于基因上游，但是距离基因较远，因此我们认为它不调控EPB41L1 这个基因的表达。

CpG 29虽然距离基因较近，但是它在基因下游，目前一般研究CpG 岛的多位于基因上游和基因内部。因此我们也认为他不调控基因的表达。

综合以上，分析部认为EPB41L1 值得研究的CpG岛有两个，CpG178和CpG45。这时可以查阅文献，看别人做的哪一个，作为自己选择的参考。

**4. **下面小编以CpG178为例，进一步看一下如何获取具体核酸序列，点击绿色的CpG178，

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然后得到以下界面，再点击“View DNA for this feature”,

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得到如下界面，选择Reverse complement，然后点击“get DNA”,

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最后， CpG178的核酸序列如下：

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[参考文献]（https://mp.weixin.qq.com/s?src=3×tamp=1582853764&ver=1&signature=614Gk7czhdoHddYDWVFnfQ2F2wGBjoFd4VbEgU1TAuKYlI*URbpe3QFMlGsZN4IuCITobxQ4bW8s-SuBEjhAhzyJe5XNYcyS5SqvX1x5M352dqMVpJnpQ1v-X6kFHisXbsLr6ahLxeEDjm4f5ouQZ8COwPO8tVP06Mi6RSxclss=）