2019-01-17 day4 -Endless

Rstdio的使用安装事项

• 不要有中文路径，在C盘
• 电脑账户的查看在Desktop的上一级
• 本地使用一定要进行镜像设置，不然下载包会很慢，语言包另可以在右下角窗口package里用zip等本地文件下载

R的使用

• 语言和python相似，从本质上来说是一种适合于生物作图的的应用类语言。
• 查看当前路径 getwd()
• 查看文件内容dir()
• 重点：变量和赋值会在环境窗口显示。
• 清屏 ctrl+l
• 文件结束后的save.image 会有文件保存于设置目录

Rna seq步骤

• 软件配备① Aspera connect ② FastQC ③ Hisat2

④ StringTie ⑤ Ballgown

• step1 raw.fa的获得，可来自公司测序，可来自数据库。
• step2 质测 使用fastqc
• step3 使用botwie2或者hist2进行对read的mapping,下载参考基因组和注释文件。
• step4 使用samtools将sam文件转为bam
• step5 使用string tie组装合并转录本
• end ballgown分析表达量