Day3-孟思博

今天的学习内容是：linux如何安装软件？

1 简单了解conda--“linux的应用商店”

2 给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。

3 安装和配置miniconda

4（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，这里仅是入门操作。

5不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

完成过程：

1.输入yum install -y bzip2 命令安装压缩软件（一般服务器都有，但是免费的阿里云没有）

2.安装Miniconda 负责生信领域软件包管理器：

2.1进入工作目录，如cd biosoft
2.2用wget命令+下载链接进行下载。百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文网站）=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来，查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接
如wget
https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（运行后相当于安装包已经在电脑上了）
2.3 用bash运行这个安装用的脚本（安装包），如：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（这就是脚本最后一个/后的部分）
安装成功如图所示：

aaa.png

2.4激活软件（相当于输入序列号） 如source ~/.bashrc*
2.5参考演示视频 链接：···https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k···
2.6添加国内镜像：目的是：加快软件下载速度（以下每行运行）
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
(至此，相当于拥有一个软件管家）

3 使用conda：

3.1 查看当前所有软件列表 conda list
3.2 搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
3.3 安装软件*** conda install fastqc -y** （加上-y是自动安装，也可不加）
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
3.4 卸载软件 conda remove fastqc -y

4 conda 环境：

每一个项目都需要不同的软件，软件结合可也能需要不同版本，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，办法就是分身！！安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”
4.1 先查看当前conda有哪些环境 conda info --envs
4.2 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
（再次查看环境，多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base）
4.3激活新的conda环境 source activate rna-seq
输入fastqc出现下面的一大片信息就说明可以使用了。说明软件安装成功。
4.4卸载一个环境中的软件
卸载某个软件：** conda remove -n rna-seq fastqc -y**
全部卸载，也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all
最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境，因为自己肯定不能把自己删除吧，使用source deactivate（重启putty）