【R-clusterProfiler包安装经验】

前言

这几天打算开始学习一下富集分析，发现这个R中的包：clusterProfiler，遂打算下载安装，开始学习。关于安装的经验也记录一下，以后可能用得上，也可以给需要的人提供下参考。

1.下载安装方法

首先，这个包不能够通过常规的install.packages()安装，需要通过Bioconductor，这个是很多生物分析相关的包的管理器，我暂时还不是很懂，也不好瞎介绍。
在官网就有下载的介绍：
Bioconductor-packages-clusterProfiler
也有很多关于这个包的介绍。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

下载的代码。

2.服务器上尝试安装

我一开始想着，在服务器上下载看看，发现并不成功，报错：

尝试了用biomanage安装那些报错的包，不行，用install.packages()也不行，网上搜索了许多，我没有搞懂。
我就想着本地安装一下。

3.本地Windows安装。

在本地的R中运行安装的代码，发现没有那些报错，可能是各种依赖库更全面，当然也安装了很多很多相关的包，以及一些包的更新。好消息就是能安装上。

> library(clusterProfiler)

clusterProfiler v3.18.1  For help: https://guangchuangyu.github.io/software/clusterProfiler

If you use clusterProfiler in published research, please cite:
Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Yanyan Han, Qing-Yu He. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287.

载入程辑包：‘clusterProfiler’

The following object is masked from ‘package:stats’:

    filter

有一个函数的覆盖，小问题，至此安装好啦！