本周最新文献速递20211205
文献题目: Large-scale integration of the plasma proteome with genetics and disease
不想看英文题目: 血浆蛋白质组、基因组、疾病的大规模整合分析
杂志和影响因子: Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意义: 全基因组关联研究 (GWAS) 发现多个变异与疾病相关,但变异如何影响疾病一直未被很好的解释,利用血浆蛋白质组数据有助于解释变异与疾病之间的致病机制;
结论:
文章链接:
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00978-w
公开的资料:
文献题目: Atlas of RNA editing events affecting protein expression in aged and Alzheimer’s disease human brain tissue
不想看英文题目: 影响老年人和阿尔茨海默病人脑组织蛋白质水平的 RNA 编辑事件图谱
杂志和影响因子: Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
研究意义: RNA 编辑是 RNA 成熟的一个特征,最常见的 RNA 编辑是 A-to-I 编辑(腺苷到肌苷)。这些 RNA 编辑可在阿尔茨海默病 (AD)中发生,尽管发现了很多脑 RNA 编辑位点,但还没有系统地分析哪些 RNA 编辑位点与 AD 相关或参与 AD 的病理过程;
结论:
RNA 编辑水平=编辑的等位基因数/总等位基因数(参考 + 编辑的等位基因)
文章链接:
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27204-9
公开的资料:
下面的文献也挺精彩的,但由于下不到原文,或博主时间有限,没法精细解读,故列出来供各位参阅;
当然,你们有精彩的文献想让我解读的(前提是一周内刚出炉的文献),可给我发pdf(然而可能种种原因,我不一定有时间解读,不要对我抱太高期待);
文献题目: Genetic and functional evidence links a missense variant in B4GALT1 to lower LDL and fibrinogen
不想看英文题目: 遗传和功能实验证明 B4GALT1 中的错义变异与低 LDL 和纤维蛋白原相关
杂志和影响因子: Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接:
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abe0348
文献题目: Subclone-specific microenvironmental impact and drug response in refractory multiple myeloma revealed by single‐cell transcriptomics
不想看英文题目: 单细胞转录组学揭示难治性多发性骨髓瘤的亚克隆特异性微环境影响和药物反应
杂志和影响因子: Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接:
https://www.nature.com/articles/s41467-021-26951-z
文献题目: Heterochromatin is a quantitative trait associated with spontaneous epiallele formation
不想看英文题目: 异染色质为自发表观等位基因相关的数量性状
表观等位基因: 指仅由DNA甲基化差异引起的表达量不同的等位基因。
杂志和影响因子: Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接:
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27320-6
文献题目: Dynamic prostate cancer transcriptome analysis delineates the trajectory to disease progression
不想看英文题目: 动态前列腺癌转录组分析揭示疾病进展轨迹
杂志和影响因子: Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接:
https://www.nature.com/articles/s41467-021-26840-5
文献题目: Mapping the serum proteome to neurological diseases using whole genome sequencing
不想看英文题目: 血清蛋白质组的遗传景观及其与神经系统疾病的联系
杂志和影响因子: Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接:
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27387-1
文献题目: Spatial Transcriptomics to define transcriptional patterns of zonation and structural components in the mouse liver
不想看英文题目: 空间转录组学定义小鼠肝脏分区和结构成分的转录模式
杂志和影响因子: Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接:
https://www.nature.com/articles/s41467-021-27354-w
文献题目: Dissecting the Shared Genetic Architecture of Suicide Attempt, Psychiatric Disorders, and Known Risk Factors
不想看英文题目: 剖析自杀未遂、精神疾病和已知危险因素的共同遗传结构
杂志和影响因子: Biol Psychiatry (IF: 13.38; Q1)
文章链接:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34861974/
文献题目: Genetic variation in YIGE1 contributes to ear length and grain yield in maize
不想看英文题目: YIGE1 的遗传变异对玉米穗长和籽粒产量的影响
杂志和影响因子: New Phytol (IF: 10.15; Q1)
文章链接:
https://doi.org/10.1111/nph.17882
文献题目: Epigenome-wide association study of alcohol consumption in N = 8161 individuals and relevance to alcohol use disorder pathophysiology: identification of the cystine/glutamate transporter SLC7A11 as a top target
不想看英文题目: 饮酒的表观基因组关联研究及其与酒精使用障碍的相关性
杂志和影响因子: Mol Psychiatry (IF: 15.99; Q1)
文章链接:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34857913/
文献题目: msRepDB: a comprehensive repetitive sequence database of over 80 000 species
不想看英文题目: msRepDB:超过 80000 个物种的综合重复序列数据库
杂志和影响因子: Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接:
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1089/6447247
文献题目: MarkovHC: Markov hierarchical clustering for the topological structure of high-dimensional single-cell omics data with transition pathway and critical point detection
不想看英文题目: MarkovHC:用于检测高维单细胞组学数据细胞分层、细胞群识别、细胞轨迹和临界点的马尔可夫层次聚类模型
杂志和影响因子: Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接:
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1132/6447264
文献题目: HDMC: a novel deep learning based framework for removing batch effects in single-cell RNA-seq data
不想看英文题目: HDMC:用于消除单细胞 RNA-seq 数据中批次效应的深度学习框架
杂志和影响因子: Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接:
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btab821/6449435?redirectedFrom=fulltext
文献题目: TreeAndLeaf: an R/Bioconductor package for graphs and trees with focus on the leaves
不想看英文题目: TreeAndLeaf:用于图形和树叶的 R/Bioconductor 包
杂志和影响因子: Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接:
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btab819/6448224?redirectedFrom=fulltext
文献题目: Isoform-level Quantification for Single-Cell RNA Sequencing
不想看英文题目: 单细胞 RNA 测序的 Isoform 定量方法
杂志和影响因子: Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接:
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btab807/6448218
文献题目: Make Interactive Complex Heatmaps in R
不想看英文题目: 在 R 中制作交互式复杂热图
杂志和影响因子: Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)
文章链接:
https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btab806/6448211
文献题目: recount3: summaries and queries for large-scale RNA-seq expression and splicing
不想看英文题目: recount3:大规模 RNA-seq 表达和剪接的总结和查询
杂志和影响因子: Genome Biol (IF: 10.81; Q1)
文章链接:
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02533-6
致谢橙子牛奶糖(陈文燕),请用参考模版:We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
感谢小可爱们多年来的陪伴, 我与你们一起成长~