各种常用数据库合集

KEGG and GO

1. DAVID + 微生信绘图

2. Metascape

3. Kobas

4. reactome

5. Enrichr

蛋白网站

1. UniProt （强大的蛋白结构和功能注释网站）

2. HPA（可查看蛋白表达以及亚细胞定位）

3. String （PPI）

4. BioGRID(相互作用蛋白的PPI网络图)

5. TCPA与TCGA相对应，用于访问可视化肿瘤蛋白组学网站

6. PDB蛋白结构数据库

7. SWISSMODEL蛋白3D结构预测

8. Pfam蛋白结构及功能预测

基因及蛋白分析网站

1. GEPIA可进行基因表达、共表达、预后等分析

2. TIMER可进行基因表达、共表达、预后、免疫等分析

3. Cbioportal数据库之神可进行突变、突变结构、共表达富集等分析 网站使用说明

4. Linkedomics可分析基因在不同肿瘤的表达以及相关基因的表达

5. BioGRID可以查询基因、蛋白、药物、PPI、关联基因、GO等可以关联到好多其他网站，功能强大！

6. UALCAN相关基因以及预后

7. Depmap肿瘤细胞系、基因、药物

8. TISIDB查询基因、基因富集（GO KEGG）、免疫等信息

9. TCPA与TCGA相对应，用于访问可视化肿瘤蛋白组学网站,关联基因，生存分析

10. CTD药物基因疾病相互作用分析

11. chilibot可绘制基因表型互作图

查询基因信息

1. genecards查询基因详细信息 - 非常强大，会直接连接到HGNC/HUGO,NCBI,ensembl,OMIM,UniProt 网站

2. Genome Browser Gateway还可查询基因启动子序列

3. DISEASE查询基因与疾病

4. BioGPS查询基因详细信息以及基因在细胞和组织中的表达量

5. EMBL-EBI可查询基因蛋白化合物信息

6. ensembl基因浏览器+gene ID转换

7. TISIDB查询基因、基因富集（GO KEGG）、免疫等信息

8. Depmap其中集合了CCLE网站信息，可分析肿瘤细胞系、基因、药物

9. HGNC/HUGO可查询基因信息

10. COSMIC可查询基因突变信息

11. OMIM包括文本信息和相关参考信息、序列纪录、图谱和相关其他数据库。

细胞系信息网站

1. GDSC药物突变以及表达与细胞系敏感性分析网站

2. Depmap其中集合了CCLE网站信息，可分析肿瘤细胞系、基因、药物

3. BioGPS可直接检索基因信息以及基因在细胞系的表达情况

分析关联基因：

1. GEPIA

2. Cbioportal

3. Linkedomics

4. BioGRID

5. TIMER

6. UALCAN

7. UCSC网站有相关的操作演示

8. TCPA与TCGA相对应，用于访问可视化肿瘤蛋白组学网站,关联基因，生存分析

生存分析

1. KM-plotter

2. PrognoScan 可分析特殊GEO数据集预后

3. TIMER

4. GEPIA

5. UALCAN

6. UCSC

7. TCPA与TCGA相对应，用于访问可视化肿瘤蛋白组学网站,关联基因，生存分析

药物分析

1. GDSC药物细胞系敏感性分析网站

2. Depmap肿瘤细胞系、基因、药物

3. BioGRID可以查询基因、蛋白、药物、PPI、关联基因、GO等可以关联到好多其他网站，功能强大！

4. CTD药物基因疾病相互作用分析

5. Drugbank药物查询网站

6. EMBL-EBI可查询基因蛋白化合物信息

7. Open Targets Platform

免疫分析

1. TIMER

2. TISIDB

特殊数据库

1. 自噬数据库

2. eFORGE 表观遗传数据库

3. CellMarker 细胞标志物数据库,可用于单细胞测序

4. COSMIC癌症体细胞突变数据库

通路可视化数据库

1. KEGG

2. Reactome

3. Pathview

Selleckchem : https://www.selleck.cn/ 抑制剂

CRISPRlnc : http://www.crisprlnc.org/ crispr/lncRNA

MRPrimerW2 : http://mrprimerw2.com/ qPCR引物

ChIPprimersDB : https://www.chipprimers.com ChIP-PCR引物

PrimerBank：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ qPCR引物

Addgene：http://www.addgene.org/ 载体信息共享网站

2.实验protocol数据库 Jove : https://www.jove.com 视频/权限

bio-protocol : https://bio-protocol.org/cn/default.aspx protocol

Current Protocols : https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/ protocol

Nature protocol : https://www.nature.com/nprot/ protocol

Springer Protocols : https://experiments.springernature.com/springer-protocols-closure protocol

Cold Spring Harbor Protocols : http://cshprotocols.cshlp.org/ protocol