Imaris导入数据和初步使用

以下内容为Importing data into Imaris and the basics of image visualization._哔哩哔哩_bilibili
的学习笔记,仅记录方便查看。节约存储空间所以写在这里哈哈哈

视频功能目录

      • 转化为Imaris格式
      • 旋转 和 拖动
      • 显示不同通道对比度
      • 展示模式
      • 标尺设定是否显示
      • 导入tif序列图像为3D
      • Slice 模式下,可以进行一些测量
      • 提取channel [视频27:00分]
      • 对于Imaris无法识别的格式,可以借助FIJI
      • Section模式下查看
      • 裁剪
      • 下采样
      • 调整标尺的大小、位置
      • 旋转 Rotate,可以实现换一个正对的面!
      • Free Rotate 可以自由旋转角度

转化为Imaris格式

非ims格式数据在导入imaris前需要首先转换为ims格式
Add File选择要转换的文件,Start All开始转换。
注意:对于tif图像可以使用Imaris File Converter的Setting确定序列是z还是T排列
Imaris导入数据和初步使用_第1张图片

旋转 和 拖动

鼠标左键旋转,鼠标右键拖动

显示不同通道对比度

  1. Edit–>Show Display Adjustment

    或者 快捷键:Ctrl+D

    Imaris导入数据和初步使用_第2张图片

展示模式

Mode: MIP、Blend、Normal Shading

标尺设定是否显示

设置是否显示标尺
File—>Preferences—>Display中的 Scale Bar。如果不想显示,就去掉 Scale Bar的对勾
Imaris导入数据和初步使用_第3张图片

导入tif序列图像为3D

  1. 根据是时间序列设置“T”或者按照Z轴排序设置“Z”[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-JC1RQYrr-1653913123407)Imaris导入数据和初步使用_第4张图片
    Imaris导入数据和初步使用_第5张图片

  2. 上面Step1之后点击“OK”,然后点击下图 转换

Imaris导入数据和初步使用_第6张图片

  1. 注意:导入tif图像的时候有个很重要的点。

    要选中channel,然后修改Geometry中的Voxel Size.[即采集数据时,硬件设备提供的pixel size和z轴的步径]

Imaris导入数据和初步使用_第7张图片

Slice 模式下,可以进行一些测量

  1. 鼠标点一个点,再点一个,可以测两者之间的距离

提取channel [视频27:00分]

Imaris导入数据和初步使用_第8张图片

对于Imaris无法识别的格式,可以借助FIJI

比如nrrd格式可以转化为Imaris格式

Imaris导入数据和初步使用_第9张图片

Section模式下查看

Imaris导入数据和初步使用_第10张图片

裁剪

View—>Crop 3d

下采样

View---->Resample 3D 降低分辨率,可以减小大小

Imaris导入数据和初步使用_第11张图片

调整标尺的大小、位置

可以把光标放在那里,拖动调整

旋转 Rotate,可以实现换一个正对的面!

Imaris导入数据和初步使用_第12张图片

Imaris导入数据和初步使用_第13张图片

比如设置成Y,变成下图这样

Imaris导入数据和初步使用_第14张图片

此时,再点 reset,也是这样正对的位置啦~~~

Free Rotate 可以自由旋转角度

菜单栏ImageProcessing —> Free Rotate
Imaris导入数据和初步使用_第15张图片

这样对于拍摄不太好的图像,旋转一个角度,再使用Slice功能就可以在一个平面下啦

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