煦煦向前

Imaris导入数据和初步使用

以下内容为Importing data into Imaris and the basics of image visualization._哔哩哔哩_bilibili
的学习笔记，仅记录方便查看。节约存储空间所以写在这里哈哈哈

视频功能目录

- - 转化为Imaris格式
  - 旋转和拖动
  - 显示不同通道对比度
  - 展示模式
  - 标尺设定是否显示
  - 导入tif序列图像为3D
  - Slice 模式下，可以进行一些测量
  - 提取channel [视频27：00分]
  - 对于Imaris无法识别的格式，可以借助FIJI
  - Section模式下查看
  - 裁剪
  - 下采样
  - 调整标尺的大小、位置
  - 旋转 Rotate,可以实现换一个正对的面！
  - Free Rotate 可以自由旋转角度

转化为Imaris格式

非ims格式数据在导入imaris前需要首先转换为ims格式
Add File选择要转换的文件，Start All开始转换。
注意：对于tif图像可以使用Imaris File Converter的Setting确定序列是z还是T排列

旋转和拖动

鼠标左键旋转，鼠标右键拖动

显示不同通道对比度

Edit–>Show Display Adjustment

或者快捷键：Ctrl+D

展示模式

Mode: MIP、Blend、Normal Shading

标尺设定是否显示

设置是否显示标尺
File—>Preferences—>Display中的 Scale Bar。如果不想显示，就去掉 Scale Bar的对勾

导入tif序列图像为3D

根据是时间序列设置“T”或者按照Z轴排序设置“Z”[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-JC1RQYrr-1653913123407)
上面Step1之后点击“OK”，然后点击下图转换

注意：导入tif图像的时候有个很重要的点。

要选中channel,然后修改Geometry中的Voxel Size.[即采集数据时，硬件设备提供的pixel size和z轴的步径]

Slice 模式下，可以进行一些测量

鼠标点一个点，再点一个，可以测两者之间的距离

提取channel [视频27：00分]

对于Imaris无法识别的格式，可以借助FIJI

比如nrrd格式可以转化为Imaris格式

Section模式下查看

裁剪

View—>Crop 3d

下采样

View---->Resample 3D 降低分辨率，可以减小大小

调整标尺的大小、位置

可以把光标放在那里，拖动调整

旋转 Rotate,可以实现换一个正对的面！

比如设置成Y，变成下图这样

此时，再点 reset，也是这样正对的位置啦~~~

Free Rotate 可以自由旋转角度

菜单栏ImageProcessing —> Free Rotate

这样对于拍摄不太好的图像，旋转一个角度，再使用Slice功能就可以在一个平面下啦

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