学习小组Day3笔记--。。。。。。

收获

1.今天学习了linux环境下安装软件

• miniconda应用商店的下载和安装
• miniconda的使用——查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（fastqc)
• 定制conda分身

2.所需命令及连接、软件等（均为生信星球提供）

(1)压缩软件“bzip2” 检查命令bzip2; 安装命令 yum install -y bzip2
(2)wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh wget 刚才复制的网址 直接开始下载 .sh后缀为脚本的意思
(3)bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 用base运行刚下载的脚本
(4)

安装成功

(5)激活 source ~/.bashrc后 输入conda来验证
(6)conda使用

• 添加镜像
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
• 查看软件列表
  conda list
• 搜索软件
  conda search 软件名
• 安装软件
  conda install软件名 -y
conda install fastqc=0.11.7 -y制定版本
• 卸载软件
  conda remove fastqc -y
• conda 环境
  conda info --envs
  (7)定制分身
• 建立环境
  建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
• 激活新的环境
  conda activate rna-seq
  
  last

问题

错误网址导致miniconda安装失败 费时好久

额外收获

TAB补全名称是真的好用

MIND MAP