截短体及引物设计

在确定研究蛋白确实可以发生相变后,要最终确定是那段序列发生相变,我们需要根据蛋白质的结构特点,将蛋白质分为很多很多小的片段,并且在这些片段上面携带GFP来观察其过表达后是否可以形成SG颗粒。
比如这个蛋白的DNA序列将其分为3段


image.png

比如第而段(白色)设计的引物为:

(cla1)-F: CC ATCGAT A TTGAAGGACAGTCTGCGGC
(Kpn1)-R: GG GGTACC CTA ATGGAGAGCTGGGACAGC

其中的CTA(反向互补)为终止密码子,如果不设计终止密码子,他会扩增出绿色和白色的所有区域,

终止密码子有:
RNA中:
UAG:琥珀密码子(amber codon)
UAA:赭石密码子(ochre codon)
UGA:蛋白石密码子(opal codon)
DNA中:
TAG:琥珀密码子
TAA:赭石密码子
TGA:蛋白石密码子

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