学习小组Day3笔记--linux环境下安装软件（JINKUN）

一、Miniconda安装包的下载

miniconda是一款便捷的软件下载器，有点类似于app store

我们首先在xshell里用uname -a查看服务器的配置
再获取清华conda镜像网站中的下载链接
用wget 链接来下载我们需要的miniconda的安装包

二、Miniconda的安装

安装包完成后，用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh来行使安装功能
其中需要按enter和输入yes
完成后还需输入source ~/.bashrc来进行激活
最后通过代码添加镜像就完成了初步的工作

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

三、安装好软件后我们尝试操作它

1. conda list查看所有软件列表
2. conda search fastqc搜索conda里的软件，这里是在搜索数据质控软件fastqc
3. conda install fastqc -y安装软件
4. conda remove fastqc -y卸载软件

四、conda环境

用于分别处理不同的项目

1. conda info --envs用来查看当前拥有的环境
2. conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y假设我们要处理转录组数据，建立名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
3. conda activate rna-seq用来激活我们想要激活的环境
4. conda deactivate用来退出环境

文中教程转载自生信星球，感兴趣可以去关注公众号哟