一、战犯与参谋
对于战争犯罪的认定，早期的海牙公约只规定为“在战争进行的过程中犯的罪”，并未认识到发动战争也是一种罪行。直到二战后，纽伦堡国际军事法庭和远东国际军事法庭才特别规定了“对和平的犯罪”，具体如下：
“对和平的犯罪，即发动或计划，准备，开始，进行宣战或不宣战的侵略战争及违反国际法，条约，协定，誓约的战争以及参加为达成上述行为的计划及谋划。”
二战后，远东国际军事法庭将日本战犯分为甲级、乙级和丙级三类。
其中的乙级战犯和丙级战犯是指违反海牙公约，犯下虐俘，屠杀平民，抢劫等罪行的日本战犯。指挥，监督的军官是乙级战犯，具体执行的士官，士兵和军属则为丙级战犯。而发动战争的罪魁祸首，就是所谓的“甲级战犯”，他们大都有一个共同点：当过参谋。
由于特殊的历史背景，日本的参谋有“下克上”的传统，且独立于政府，往往擅自决定整个国家的命运走向。他们既贪婪凶狠，又狂妄自大，发动了九一八事变、卢沟桥事变、太平洋战争，把日本带入了战争的深渊，也给亚洲人民带来了深重的灾难。
二、妄为的背景
日本参谋为何可以恣意妄为，这与军政和军令分离的两元指挥体系有很大关系。
（一）统帅权独立
在日本的内阁成员中，依据现任武官制，陆军大臣，海军大臣必须由现役军人出任。只要军部对内阁不满意，两个军人大臣辞职，又不派新大臣，内阁就只能垮台。如此一来，军部可以无法无天，凌驾于政府之上，这才是军国主义的真正之所在，其根源就在于统帅权的独立。
在当时的陆军大学校教科书中，明确指出：统帅权的本质是力量，其作用是超法律的。统帅权的行使及其结果不对议会负责。议会无权对军队的统帅指挥及结果提起质问，要求说明及批评。
（二）军政和军令分离的两元系统
战前的日本，相对于军事行政的“军政”，作战和用兵等被称为“军令”。军政归陆军省，海军省管。军令则归参谋本部（陆军）和军令部（海军）管。政府只管招兵和养兵，而由参谋指挥这些兵。
参谋是负责起草作战方案，再帮助军事主官实施作战计划的，自然也应该被长官管理。但在日本军队，军政和军令是完全分离的两元系统，所以管参谋的仍然是上一级参谋。
（三）两元化的起源
1. 参谋本部
日本政府和军队的两元化是有历史原因的。
1877年（明治十年），被内讧轰下了台的明治维新最大功臣，陆军大将西乡隆盛发动了一场被称为“西南战争”的大规模反叛。刚平定了西南战争，又因为士兵缺饷而爆发了兵变。
当时身为陆军卿（即后来的陆军大臣）的山县有朋在个人野心的驱使下，就以不让国内政治左右军队为借口，提出把军队的统帅权从议会，政府中独立出来，直接交给天皇。当时的日本天天有叛乱，政府为了巩固统治而焦头烂额，最怕的就是反叛势力和政府军勾结起来，自然支持军队不参与政治。
1878年（明治11年）12月5日，参谋局从陆军省独立出来，成立了直属天皇的参谋本部，首任参谋总长就是山县有朋。后来，原来陆军省的动员计划，治安维持等职能全转移到了参谋本部，又失去了人事权，彻底成了空架子。
参谋本部的独立，意味着军政和军令的分离，自然使日本产生政治与军事战略上的不一致，也为后来日本军部的暴走埋下了伏笔。
2. 海军军令部
在日军内部，也存在着严重的分化，特别是陆军和海军在军费分割、战略方向、互相配合等方面的激烈争斗。
陆军要扩军，平时需要25个师团，战时扩到50个师团。那么，海军也要建设由八艘战列舰，八艘巡洋舰组成的八八舰队。陆军要北上打俄国人，军费就要全归陆军。海军当然无法容忍，就主张南下太平洋，这样海军就可以占据主导地位。陆军既然成立了参谋本部，海军也搞出了相应的军令部。于是，在甲午战争前夕，日本军队出现了政军、政令、陆海的三个二元化，由伊藤博文发明的“战时大本营”统一指挥陆海军。
大本营制度虽然在甲午战争和日俄战争时期到了作用，但随着明治维新的重臣们逐渐退出历史舞台，制度上的缺陷就在之后的战争中显现了出来。
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