Win7中(RHDF5)bioConduct安装技巧及installed directory not writable问题解决

为了在R中读写HDF5文件,需要安装rhdf5包。常规方法是在R中运行:
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("rhdf5") 

但是这样会自动连国外的服务器下载安装所需的软件包。而我的改进方法如下:

1、用浏览器访问http://bioconductor.org/biocLite.R,将文件保存到本地


2、编辑本地的biocLite.R, 将第三行和第八行的注释符去掉,内容改为:

options("repos" = c(CRAN="http://mirror.bjtu.edu.cn/cran"))

options("BioC_mirror" = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
这样就会连国内的服务器下载包,速度会比较快。

3、在R中运行

> source("biocLite.R")
> biocLite("rhdf5")

即可安装rhdf5包。


另外安装时可能碰到报错:installed directory not writable,cannot update packages...

我的解决办法是以管理员身份启动R运行环境或RStudio,再进行安装。



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