BUSCO 做基因组评价

Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)是用于评估基因组组装和注释的完整性的工具。在相近的物种之间总有一些保守的序列，而BUSCO就是使用这些保守序列与组装的结果进行比对，鉴定组装的结果是否包含这些序列，包含单条、多条还是部分或者不包含等等情况来给出结果。通过与已有单拷贝直系同源数据库的比较，得到有多少比例的数据库能够有比对，比例越高代表基因组完整度越好。

方法一：指定数据库

#选择数据库
busco --list-datasets

#  使用不同数据库进行 BUSCO 分析
busco -m prot -i pep.fasta -o viridiplantae_odb10 -l viridiplantae_odb10 -c 4

会生成busco_downloads文件夹

方法二：自动选择数据库

# 使用不同数据库进行 BUSCO 分析
busco -m prot -i Sind.pep.fasta -o auto-lineage-euk --auto-lineage-euk -c 4 

• 统计结果

  
  

画图

将结果都放在一个新建的result文件夹里

generate_plot.py -wd result

BUSCO安装比较复杂 推荐使用conda或者singularity容器

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