服务器和Linux ，安装R rstudio ，常用软件
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服务器的基本概念：
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如服务器的基本结构，节点，端口的概念等。
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服务器的基本设置和管理：
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如何配置新服务器，
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如何管理服务器，如何分配账户并确保他们互不访问，
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如何全局安装软件让所有人都可以使用，
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以及服务器管理员的常用操作等。
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软件的安装和使用：安装和版本管理
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如何在服务器上安装和使用各种软件，如R, Rstudio, Jupyter notebook等，
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如何在服务器上使用不同版本的R和Python等。
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数据管理：
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如何下载和安装各种数据，
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如何在Linux下进行相关分析，
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如何在Linux下挂载后台运行及查看进度，
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如何管理大量数据集等。
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工作环境的搭建：
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如何搭建生信分析或者对接课程的工作环境，
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如何搭建单细胞下游分析工作环境，
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如何创建网页版Rstudio和Python notebook以供外人访问等。
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文件传输和存储：
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如何用FileZilla或其他工具上传文件到服务器，
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上传的文件在Python中如何找到
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数据文件如何存储和管理等。
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实际上关键点就两个，一个是怎么管理好多个用户，一个是怎么安装好软件。因此昨晚的直播课也就是侧重这两点。
第一部分：服务器和Linux的了解
在这一部分，我主要给大家简答科普了目前的服务器的类型，以及与我们当前用到的笔记本、台式机的区别。
需要知道的几点
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服务器性能不一定比台式机强
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服务器一般来说都是为了完成某个特定目标，比如说网页服务器，而我们用的电脑则是常用来执行多种不同的任务
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服务器有物理服务器和虚拟服务器两类，虚拟服务器一般指的是将一个物理服务器的资源虚拟化，有效利用资源的一种。
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大厂的云服务器比较贵。不建议购买云服务器做计算任务。
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Linux是服务器上最常用的一种操作系统
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Linux有两种主要发行版本，一种是CentOS，一种是ubuntu。
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从后续的直播结果来看，请大家在装服务器系统的时候，尽量装最新的Ubuntu。云服务器的CentOS可能还是7，因此除非你对自己的管理能力很自信，否则慎选。
第二部分：服务器的交互
服务器访问三要素是
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用户名
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IP地址，或者域名
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端口号
即便很多时候你没有写端口，那也是有一个默认端口22的。
我觉得经过我很多次强调，上过我Linux课的人，都知道这三要素了。
与服务器交互的两种最常见方式是：SSH登录和SFTP数据传输。
在Windows上，我认为的最佳组合就是XSHELL和XFTP
而在MacOS和Linux上，我自己偏好自带终端和FileZilla。由于FileZilla是跨平台的软件，所以实际上我在Windows上也会用。
当然，还有其他一些东西可选，例如FinalShell。
第三部分：权限管理
这部分知识，在我们Linux实战课虽然提到过，但实际上大家都没有什么特别的感悟，因此这里，我给了一个非常复杂的例子
需求：
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创建三个用户，xzg1, xzg2,xzg3, 位于/home/xzg下， 属于xzg组
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创建三个用户，gsp1, gsp2, gsp3，位于/home/gsp下，属于gsp组
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创建1个用户，visitor，位于/home/visitor下，属于visitor组
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创建一个组，叫做gzdlab, xzg1, xzg2,xzg3, gsp1,gsp2,gsp3都属于gzdlab
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xzg组之间可以相互访问，gsp组之间可以相互访问，xzg和gsp之间不能相互访问
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创建一个私人目录，/data/private_data, gzdlab组的人可以访问，并编辑里面的内容，其他用户可以访问，但是不能编辑内容
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创建一个公共目录，/data/public_data, 所有人都可以访问，都可以编辑内容
这个例子在直播课有了非常好的演示。只不过在操作同时，还演示了一些内容外的东西，这要是我就觉得直播课相对于我写文字教程，有趣的地方。
我在用xzg1使用sudo时候，遇到了权限的问题，于是我带了大家学习用户让一个普通用户能够使用sudo。在Ubuntu和CentOS中，添加sudo用户是不太一样的操作。Ubuntu用的是usermod把用户加到sudo组中，而CentOS则是用visudo在配置文件中加上用户。
遇到之前的需求，我们解决方法如下
第一步，创建用户和用户组：
sudo groupadd xzg
sudo groupadd gsp
sudo mkdir /home/xzg
sudo mkdir /home/gsp
sudo useradd -m -d /home/xzg/xzg1 -g xzg xzg1
passwd xzg1
sudo useradd -m -d /home/xzg/xzg2 -g xzg xzg2
sudo useradd -m -d /home/xzg/xzg3 -g xzg xzg3
sudo useradd -m -d /home/gsp/gsp1 -g gsp gsp1
sudo useradd -m -d /home/gsp/gsp2 -g gsp gsp2
sudo useradd -m -d /home/gsp/gsp3 -g gsp gsp3
创建合作组，gzdlab，用于加上xzg和gsp的成员。
# 创建组
sudo groupadd gzdlab
# 将用户添加到组
for user in xzg1 xzg2 xzg3 gsp1 gsp2 gsp3; do
sudo usermod -a -G gzdlab ${user}
done
之后，设置xzg和gsp用户组的访问权限：
# 更改所有者
# 前面的冒号表示只更改所属组，而不更改所有者。
sudo chown -R :xzg /home/xzg
sudo chown -R :gsp /home/gsp
sudo chmod -R 770 /home/xzg
sudo chmod -R 770 /home/gsp
为了方便数据的管理，我们创建了两个文件夹：
sudo mkdir -p /data/private_data
sudo mkdir -p /data/public_data
设置文件夹权限：
sudo chown -R :gzdlab /data/private_data
sudo chmod -R 770 /data/private_data
sudo chmod -R 777 /data/public_data
当然上述一般来说，可能都是管理非常复杂的情况，更多的是帮助我们理解什么叫做用户权限。但是在真实世界中，我们可能就只会做两步，
第一步，创建用户，给他分配一些资源。
useradd -m -d /home/用户名 用户名
passwd 用户名
第二步，创建一个公共的目录，放数据，让他去复制
mkdir /data/public_data
chmod -R 777 /data/public_data
简单的说，就是把数据分成自己的和公共的两类。
这一部分交给大家的作业就是，回顾整理下用户管理、用户组管理和权限管理的几个Linux命令。
第四部分：软件安装
我们先强调了环境变量，PATH的重要性，可执行文件都是通过这个PATH来找到执行路径的。
但是PATH是如何加载的呢？我们介绍了配置文件的加载过程，特别的，我们强调了 为什么有些时候，你已经把PATH添加到~/.bashrc 中，但是依旧不起作用的原因。
这里我找到了一张更好的图（来源：https://youngstone89.medium.com/unix-introduction-bash-startup-files-loading-order-562543ac12e9），来说明这个加载过程。
通常来说，如果我们用的是终端登录，我们就是以 /ect/profile→~/.bash_profile 来启动配置文件，而~/.bashrc通常是由~/.bash_profile调用。
接着，为了介绍如何全局安装软件，我们讲了两个例子
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CellRanger
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seqkit
大家可以自己回去练习下
当然，软件安装的重头戏还是R语言和RStudio的配置。
在R语言的安装上，我推荐的是用编译的方式安装，这样子，你可以保证，你自己安装多个版本的R，并保持他们共存。
直播课中，我介绍4.1.3和4.3.1的编译安装
# 4.3.1
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.3.1.tar.gz
tar xf R-4.3.1.tar.gz
./configure --prefix=/opt/R-4.3.1 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make -j
sudo make install
#4.1.3
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.1.3.tar.gz
tar xf R-4.1.3.tar.gz
./configure --prefix=/opt/R-4.1.3 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make -j
sudo make install
不过在安装过程中，我们出现了几个意外（放心，都在我的掌控之中）
首先，依赖环境不全，因此在configure的过程中，反复报错，我这里总结了CentOS和Ubuntu的一些必装的内容 CentOS
yum group install "Development tools"
yum install libX11-devel
yum install libXt-devel
yum install readline-devel
yum install xz xz-devel
yum install pcre pcre-devel
yum install libcurl-devel
yum install texlive
yum install java-1.8.0-openjdk
yum install *gfortran*
yum install zlib*
yum install bzip2-*
Ubuntu
sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install zlib1g-dev libreadline-dev libcurl4-openssl-dev \
libpcre2-dev libbz2-dev liblzma-dev \
libxml2-dev libcairo2-dev
sudo apt-get install xorg-dev
sudo apt-get install texlive-base texlive-latex-extra texlive-fonts-recommended
# java支持, 可以不用
sudo apt-get install default-jdk
还有一个意外的就是，centOS7因为太老了，安装4.3.1的时候，还得加上 --with-pcre1参数，不能用最新的pcre2
./configure --prefix=/opt/R-4.3.1 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack --with-pcre1
make -j
sudo make install
另外要强调的一点事，因为后续要RStudio调用R，所以--enable-R-shlib参数必须有。
之后我们用CentOS演示了RStudio安装
wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-2023.06.1-524-x86_64.rpm
sudo yum install rstudio-server-rhel-2023.06.1-524-x86_64.rpm
实际上Ubuntu也类似，到https://posit.co/download/rstudio-server/ 选择合适版本就好
需要注意的是，此时安装的Rstudio是不会成功启动的，因为我们没有安装在它默认搜索的位置，因此我们需要没指定R的位置
我们需要编辑 /etc/rstudio/rserver.conf ,添加如下的内容
rsession-which-r=/opt/R-4.3.1/bin/R
然后用sudo rstudio-server restart重启，使用rstudio-server status确认运行状态。
默认端口是8787，你需要通过 IP地址:端口来访问。
但是，如果你用的云服务器，或者你服务器有防火墙的设置，你还需要允许这个端口的放行。这部分内容参考直播课的演示。
接下来，我们介绍了R包的编译，需要强调的是，R默认是单线程编译。我们需要先运行这两个配置，让R执行编译时能够快一点。
options(Ncpus=20L)
Sys.setenv(MAKEFLAGS="-j 20")
在R包的安装过程中，充满了意外，例如，学员让我们演示CytoTRACE_0.3.3的安装，经过不断的排查，发现可能需要gcc7才能编译，而我的centos7只有gcc4.8。虽然我能给大家展现一下，如何在旧系统上编译新的GCC，但是考虑直播时长，我们还是冷静下，暂时在这里结束了，不然我们真的要决战到天明了。