DS——小分子配体准备笔记

一. 构建小分子结构

1. 工具介绍

   
   
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   （1）第一个图标用于构建分子键，在一个构建好的单键上再点一下就可以变为双键
   （2）第二个图标也是构建单个分子键，但是方向可以随意控制，而第一个不能
   （3）第三个用于构建六元环，构建出来就是下图左边的六元环的样子，六个分子键全部为单键。

   将一个已经构建好的六元环用鼠标选中后，选择菜单栏Chemistry|Bond|Aromatic 就可以构建一个苯环，如下图右边所示

（4）选择特定的C原子，再选择菜单栏 Chemistry|Element 就可以更换相应的元素，如下图红色的为O原子，绿色的为cl原子

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二. 处理多个配体结构

1. 在文件浏览器（Files Explorer）中，展开 Samples|Tutorials|QSAR 文件夹，双击 pk-400.sd

   
   
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2. 打开后，选择前 10 行（即前 10 个分子），可以选择第一行的“1”，按下shift，再选择第十行的“10”，就可以选中，再按下 CTRL+C进行复制

   
   
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3. 打开一个新的窗口，在新窗口中按下 CTRL+V，将前 10 个分子粘贴至新窗口中。

   
   
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4. 在工具浏览器（Tools Explorer）中，展开 Small Molecules|Prepare or Filter Ligands，点击 Prepare Ligands，打开相应的流程参数面板。 设置 Input Ligands 参数为 Molecule:All。 其余参数设为默认值。

   
   
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因为用的是盗版的DS，所以跑不出来结果emmmmm，就是这样子

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