linux的gromacs模拟分子运动,GROMACS分子动力学模拟技术与应用

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“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”

课 程 内 容

分子动力学模拟基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍1.1统计力学基本假设1.2统计概率1.3配分函数的定义1.4系综简介和选择1.5分子动力学的概念1.6主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法1.7积分步长的选取1.8温度和压力控制1.9周期性边界条件1.10分子动力学模拟流程

GROMACS入门操作 2 GROMACS入门操作基础2.1 Linux环境介绍2.2 Linux命令入门基础——熟练掌握GROMACS所用的Linux命令2.3 Linux并行操作方法2.4 OpenMP内存贡献并行介绍2.5 MPI分布式并行介绍和环境搭建2.6 GROMACS的win版linux版编译安装——学会编译方法，针对自己体系编译软件2.7 GROMACS涉及的各种输入输出文件参数介绍2.8 GROMACS基本算法介绍2.8 GROMACS力场介绍——深度探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备OPLS为例，力场的各种参数说明

GROMACS建模方法 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使学员具有扎实的技术基础3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模软件的使用3.2 建立各种体系模型混合模型、界面模型、球体模型等3.3 小分子各种力场TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATBitp, top的结构以及参数说明3.4 建立均相、多相体系3.5 如何修改力场参数

GROMACS初级分析工具讲解 3 GROMACS分析工具——掌握基本数据分析——使学员具备问题解决能力3.6 LJ流体，甲烷，水纯物质模拟3.7 模拟轨迹分析(trajectory，sasa，rdf，freevolume等)3.8 生成拓扑结构和坐标文件(editconf，genconf，pdb