gromacs学习及使用(1)

1.Gromacs的使用
2.Gromacs 的第一步_能量最小化
3.分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）

4.GROMACS优化(没看懂)
5.GROMACS快速入门（有好东西）
GROMACS中文教程

gmx editconf -f xxx -o xxx

6.GROMACS运行参数之em.mdp文件详解

(base) [hmyin@login01 test32_1]$ more GMXtut-5_em.mdp 
; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTS
title		= Minimization	; Title of run

; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator	= steep		; Algorithm (steep = steepest descent minimization)#使用最速下降法进行能量优化
emtol		= 1000.0  	; Stop minimization when the maximum force < 10.0 kJ/mol#最大容许力。默认为10.0，单位为 [kJ mol-1 nm-1]。当最大作用力小于此值，认为最小化过程收敛。
emstep      = 0.01      ; Energy step size#起始步长。默认为0.01，单位为[nm]
nsteps		= 50000	  	; Maximum number of (minimization) steps to perform #最大模拟步数
energygrps	= system	; Which energy group(s) to write to disk

; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist		    = 1		    ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type		    = grid		; Method to determine neighbor list (simple, grid)
#neighbor search 的种类;grid:在体系中产生网格，更新临近原子名单时仅检查临近网格。大体系中网格搜寻比简单搜寻快很多。simple： 更新邻原子名单时检查所有原子。
rlist		    = 1.0		; Cut-off for making neighbor list (short range forces)#短程邻居列表的阈值。
coulombtype	    = PME		; Treatment of long range electrostatic interactions#告诉gromacs如何计算静电.PME为particle mesh ewald法（参见Gromacs用户手册）
rcoulomb	    = 1.0		; long range electrostatic cut-off#指定库仑力阈值
rvdw		    = 1.0		; long range Van der Waals cut-off#指定LJ或Buckingham势能距离阈值 EM Stuff
pbc             = xyz 		; Periodic Boundary Conditions#xyz：在所有方向使用周期边界条件（pbc）

7.GROMACS运行参数之md.mdp文件详解
8. [GROMACS] 求助：能量最小化的mdp文件怎么写

可以先写一个mdp文件，里面只有integrator = steep，然后用grompp生成tpr文件，同时会生成一个mdout.mdp，这个文件包含了所有参数，输入的mdp文件中已经设置的参数在mdout.mdp中保持一致，未设置的参数在mdout.mdp中是默认参数，参考手册对mdout.mdp文件进行修改即可得到需要的mdp文件。
能量最小化的算法主要有2种，steep和cg，cg更适合找到极小值，但是如果离极小值太远可能优化不成功，所以能量最小化通常的流程是先用steep使能量接近极小值，然后cg达到极小值。
一般情况下，能量最小化需要注意的参数是emtol，默认是10，能量最小化过程中，如果Fmax小于这个值，能量最小化停止。通过设置emtol，可以在合适的位置把steep换成cg，总体效率更高。
只修改integrator可能会出错，因为很多参数是绑定在一起的，需要同时修改，从mdout出发可以避免参数冲突的问题。

9.GROMOS拓扑（、坐标、轨迹、能量）相关文件解读&手册第5章阅读笔记II
10.gmx editconf命令
11. mdp options
12.GROMACS中mdp文件注解小结
13.GROMACS中mdp文件注解小结1

cg ： 使用共轭梯度法进行能量优化，能量最大容忍度为emtol[kJ mol-1nm-1]决定。在进行最速下降法能量优化之后再进行一次共轭梯度法能量最优化是十分有效的能量最优化综合方法，可以使用nstcgsteep 设定。在要对能量优化进行常态分析时，最好使用双精度的GROMACS，以保证较高的精确度。(如何和最速下降联合使用???)

14.分子动力学模拟中的能量最小化和搜索方法
15.分子动力学模拟GROMACS使用
16.GROMACS笔记
17.Why is gmx genion with - neutral option not adding appropriate no. of ions?