学习小组Day3笔记-鹅

linux安装软件流程

• 第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”
• 第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
• 第三步，安装和配置miniconda
• 第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件

1.下载miniconda

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

• 进入：
  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

• 你会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本

• 接下来，查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

• 安装最新版本（latest）

• 右键-复制下载链接

• 输入命令下载
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  注意：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

2.安装miniconda

Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 根据提示按enter

  
  
  image.png

• 按回车跳过版全信息

  
  
  image.png

• 然后按yes，根据提示按enter,再按yes，安装成功

  
  
  image.png
• 激活来激活conda
  source ~/.bashrc

• 命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

  
  
  image.png
• 添加镜像
  conda镜像配置(参考程程笔记，在这里感谢感谢)
  查看镜像 conda config --show channels
  添加镜像
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  设置安装时显示包的来源
  conda config --set show_channel_urls yes
  移除镜像
  conda config --remove https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  
  image.png

使用conda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表
   conda list
   
   image.png
2. 搜索conda软件
   conda search fastqc【这里以数据质控软件fastqc为例】
   
   image.png
3. 安装软件
   conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】
   (默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本,如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y)
4. 卸载软件
   conda remove fastqc -y

附加学习

1.conda 环境”。
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？办法就是分身！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• 查看环境
  conda info --envs (前面带*的就是默认的)
  

  image.png

• 比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的。)
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base

  
  
  image.png

• 激活新的conda环境了
  conda activate rna-seq
  

  image.png
  
  接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了

• 退出新环境(回到之前默认的环境中）
  conda deactivate
  

  image.png

2.conda环境相关代码（参考yikedou，感谢感谢）

• 创建环境
  conda create -n QC python=3

• 创建环境及安装软件一步完成
  conda create -n QC python=3 fastqc -y

• 进入环境
  conda activate QC

• 删除环境
  conda remove -n QC --all

• 复制环境
  conda create -n QC --clone QC_new