使用RAxML构建最大似然进化树

软件下载，安装

软件网页：
The Exelixis Lab (h-its.org)raxml

软件使用手册：PDF

```

wget -c https://github.91chi.fun/https://github.com//stamatak/standard-RAxML/archive/refs/tags/v8.2.12.tar.gz

tar zxvf v8.2.12.tar.gz

Sequential version:

"make -f Makefile.gcc"

"rm *.o"

or

"make -f Makefile.SSE3.gcc"

"rm *.o"

or

"make -f Makefile.AVX.gcc"

"rm *.o"

Pthreads version:

"make -f Makefile.PTHREADS.gcc"

"rm *.o"

or

"make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc"

"rm *.o"

or

"make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc"

"rm *.o"

Coarse-grain MPI version:

type:

"make -f Makefile.MPI.gcc"

"rm *.o"

or

"make -f Makefile.SSE3.MPI.gcc"

"rm *.o"

or

"make -f Makefile.AVX.MPI.gcc"                           

"rm *.o"

```

Windows用户可以下载编译好的exe文件，无需安装。

软件使用：

```

raxmlHPC -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA out1 -s test1.phy -f d -q gennames -n TEST

```

-x 用快速方法进行Bootstrap

-p 设定随机数

-# Bootstrap 100次

-m GTRGAMMA模型

-o out1 为外类群，若有多个外内群，则用英文逗号分隔。

-s 输入比对的phy文件

-n 输出的文件后缀名

-q 设定的基因的各位点分隔位置

-f d rapid hill-climbing algorithm