wtdbg2 三代基因组组装

wtdbg2软件下载与安装

git clone https://github.com/ruanjue/wtdbg2
cd wtdbg2 
make

进行基因组装

第一步是组装
第二步是得到一致性序列

#! /bin/sh
～/usr/wtdbg2-master/wtdbg2 -t 16 -x sq -g 370m -i ../data/pb.fasta.gz -fo prefix
～/usr/wtdbg2-master/wtpoa-cns -t 16 -i prefix.ctg.lay.gz -fo prefix.ctg.fa

-t 核数 16, -x 测序平台 PacBio Sequel, -g 基因组预估大小 370 Mb

参考：
https://github.com/ruanjue/wtdbg2
http://www.chenlianfu.com/?p=2647