MSigDB数据库

数据库中定义了已知的基因集合：

包括H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列内容为：

H: hallmark gene sets （效应）特征基因集合，共50组；

比如细胞凋亡特征基因集：

特征基因集合

以下图片均由3幅图组合而成

C1: positional gene sets

位置基因集合，根据染色体位置，共326个

p1.选择C1后出现的界面；p2.选择对应的染色体位置；p3.具体信息

C1

C2: curated gene sets

（专家）共识基因集合，基于通路、文献等：这部分包括我们熟悉的KEGG信号通路等

C2

C3: motif gene sets

模式基因集合，主要包括microRNA和转录因子靶基因两部分

C3

C4: computational gene sets

计算基因集合，通过挖掘癌症相关芯片数据定义的基因集合

C4

C5: GO gene sets

Gene Ontology(基因本体论)，包括BP（生物学过程biological process），CC(细胞原件cellular component)和MF(分子功能molecular function）三部分

C5

C6: oncogenic signatures

癌症特征基因集合，大部分来源于NCBI GEO 未发表芯片数据

C6

C7: immunologic signatures:

免疫相关基因集合。

C7

我们可以看到MSigDB数据收录的信息还是非常全面的，这个数据库可以单独使用和查询，我们可以根据各种条件导出一系列感兴趣的gene set

引用

GSAE是个什么鬼