blast安装及简单使用

一、安装blast

1.Ubuntu环境

# 下载blast

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz

# 解压blast压缩包

tar -xzvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz 

# 测试

./bin/blastp -h

这里就代表安装成功了，但是执行命令就有点麻烦需要用全路径的blastp运行，如果想直接用blastp还需要安装另一个插件：

apt install ncbi-blast+

这样安装成功之后才可以使用blastp命令

2.conda环境

如果你的环境是conda的，那安装blast就很简单了

conda install blast 

一行命令搞定！ 

 二、比对序列

 1.创建数据库

# 运行这个命令创建数据库

makeblastdb -in 数据库.fa -dbtype prot

2.进行序列比对 

blastp -query 自己的序列文件 -db 数据库.fa -out 输出的序列比对文件名.blast.out