奇奇怪怪的知识又增加了--R语言创建文章流程图

今天分享一个R语言制作流程图的小例子，流程图是咱们论文的一个思维导流图，可以清晰表达你的数据筛选思路，可以制作流程图的软件很多，今天咱们使用R语言来制作流程图需要用到hgutils包，这是一个很有意思的R包，废话不多说，下面立即开始，先导入R包和数据，

library(hgutils)
library(ggplot2)
dataset = survival::lung

这是survival包自带的肺癌数据，我们来看看数据，inst: 机构代码，time: 以天为单位的生存时间，status: 状态：审查状态 1=审查，2=死亡，age: 年龄，sex: 男=1 女=2，ph.ecog：由医师评定的 ECOG 表现评分。ph.karno：由医师评定的 Karnofsky 表现评分（差=0-好=100），pat.karno：由患者评定的 Karnofsky 性能评分，meal.cal：用餐时消耗的卡路里，wt.loss：过去六个月的体重减轻
我们处理一下分类变量，转成因子

dataset$sex = factor(dataset$sex,labels=c("male","female"))

处理好分类变量后，咱们就可以开始咱们的流程图例如，路程图有两个函数inclusion_flowchart函数负责建立流程图，exclude_patients函数负责进行排除。下面先建立一个流程图

flowchart = inclusion_flowchart(dataset)

这样就等于建好了，我们来看一下

如果你想更改内容可以使用node_text参数，例如

flowchart = inclusion_flowchart(dataset=dataset,node_text="228 patients were selected from hospitalized cases")
flowchart

流程图建立后以后，咱们可以进一步排除数据，比如排除结局等于1的

dataset = exclude_patients(flowchart, dataset, status==1) #exclude all patients who did not die
flowchart

我们可以看到流程图进一步往下走了，咱们可以进一步排除生存时间小于100的和数据等于男性的数据

dataset = exclude_patients(flowchart, dataset, time<100) #exclude patients with a short follow-up
dataset = exclude_patients(flowchart, dataset, sex=="male") #exclude patients with a short follow-up
flowchart #print diagram

咱们可以看到流程图就这样一步步建立起来了，如果咱们想修改其中的内容也是可以的

dataset = exclude_patients(flowchart, dataset, sex=="male",excluded_text="不需要男性数据") #exclude patients with a short follow-up
flowchart #print diagram

我们还可以加上为什么不要男性数据的理由

dataset = exclude_patients(flowchart, dataset, sex=="male",reason="这是关于女性的研究",
                           excluded_text="不需要男性数据") #exclude patients with a short follow-up
flowchart #print diagram

这样流程图就建立起来啦，中文英文都可以，有兴趣的试试吧。