linux027 conda安装samtools报错解决办法

1 动态库缺失

conda的确是一个非常好的工具，对于初学者而言，安装软件就跟用apt/yum软件管理器一样方便。但软件安装后有时会出现的动态库缺失的问题。但是近期我在使用conda安装samtools的过程中，遇到了各种各样的报错，如下

1. error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.1: cannot open shared object file: No such file or directory
2. samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
3. samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory

折腾了三四天，频繁的创建和删除环境，心态已崩。。。

……

2 Debug过程：

2.1 常规操作

绝对大多数的问题，都是可以通过万能的谷歌和百度进行解决的，我们要相信我们遇到的这些问题，早已有很多人已经历过
然而一通谷歌百度，搜索到了各种帖子，解决方案，结果当然是没什么作用
慎用Anaconda进行软件管理
如何用conda安装软件|处理conda安装工具的动态库问题

2.2 卸载重装，无效。。

conda remove samtools
conda install samtools

2.3 给samtools降级，无效，依然无效

conda remove samtools
conda install samtools=1.5

3.解决办法

3.1 解决办法1

在conda下新建一个虚拟环境，重新安装，凑效

conda create -n sp
conda install samtools
samtools

3.2 解决办法2

conda create -n sp
conda install samtools
samtools
# 找到sp环境下samtools的库文件夹
cd /home/cqs/biosoft/miniconda3/envs/sp/
# 压缩库文件夹
tar zcvf samtools_lib.tar.gz lib/
# 回到home
cd
# 将压缩的库文件备份
mkdir Backup
mv samtools_lib.tar.gz Backup/

百度网盘链接：
链接：https://pan.baidu.com/s/1GHHNw015jSPmD-bpL1-ptw
提取码：8qma
可直接下载解压后，直接将缺少的库文件，复制以后放入虚拟环境下对应lib文件夹中
如下：

# 下载samtools_lib.tar.gz，复制到/home
cp /mnt/d/samtools_lib.tar.gz ~
# 解压
tar xzvf samtools_lib.tar.gz
# 将解压后的lib文件夹下，找到报错提到的库文件，复制到报错环境下的lib文件夹中，path为miniconda3所在的路径，env_name为samtools所在的报错环境
cp lib/libcrypto.so.1.0.0 /miniconda3/envs/env_name/lib

3.3 解决办法3

找到官方的库文件下载地址，下载对应的库文件，同3.2方法一样，放入指定的lib文件夹

4 一劳永逸

对于初学者来说，conda不失为一个很好用的软件管理工具，但是傻瓜式的操作带来的报错，可能会让我们无所是从，软件的安装，还是应学习如何使用源码或者软件包进行自定义安装

Reference

http://yangl.net/2018/06/14/conda_install_lib_not_found/