DAY7.png

测序原理：

1954年，多聚核糖核苷酸链的降解法
利用磷酸单酯酶的脱磷酸作用和高碘酸盐的氧化作用从链末端逐一分离寡核糖核苷酸并测定其种类。
目的就是想通过这种一个一个“数”的方法来得到DNA的碱基顺序。
70年代，双脱氧终止反应法
利用了双脱氧核苷酸 ddNTP去摸索DNA分子
设置四个反应体系1-4，分别加入引物、DNA聚合酶、四种dNTP、一定比例的ddNTP（带有放射性标记）
1983年,PCR测序仪
PE（Pair End双端）测序
必备名词：
flowcell： 测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lane
lane： 测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置
tile： 每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的
双端测序： 可能序列比较长有四五百bp，两边各测120-150bp
junction： 双端测序中间一些没有测到的区域
flowcell构造：一个lane包含两列（swath），每一列有60个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一    次循环中会拍照4次（每个碱基一次）
边合成变测序（sequence by synthesis, SBS）合成
第一步： 构建DNA文库
第二步： 上样 【重点搞清楚lane上有哪两种接头，待测序列含有哪两种接头，这很重要！】
第三步：桥式PCR
第四步：测序

应用领域：

1.基因组学（核酸序列分析）

（1）全基因组测序（WGS）
（2）全外显子组测序（WES）
（3）简化基因组测序（RRGS）
①RAD-Seq
②GBS
③2bRAD
④ddGBS（也就是ddRAD）
作用：
（1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）
（2）核苷酸序列分析
（3）基因定位
（4）基因功能分析
其它：
以全基因组测序为目标的结构基因组学
以基因功能鉴定为目标的功能基因组学

2.转录组学（基因表达分析）

（1）mRNA-Seq
（2）IncRNA-Seq（长链非编码RNA）
（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）

转录组（来源：生信星球）

作用：
（1）获得物种或者组织的转录本信息
（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等
（3）发现新的基因
（4）基因结构优化
（5）发现可变剪切
（6）发现基因融合
（7）基因表达差异分析

3.蛋白质组学

（1）蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
（2）构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
（3）蛋白质结构功能预测
（4）蛋白质连锁图

4.代谢组学

（1）代谢物指纹分析
（2）代谢轮廓分析

学习小组Day7笔记--林枫