免疫浸润进入2.0时代

很久没有做个免疫浸润的分析了，转眼间，两大主流免疫浸润工具都发布了2.0版本，CIERSORT更新为CIERSORTx，timer更新为timer2.0。

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接下来，小伙伴们就和小编一起学习一下timer2.0吧。

从上面的首页中，我们可以看到timer2.0分成了三个板块，分别是免疫相关性、肿瘤探索和免疫估计。

免疫相关性

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与之前类似，免疫相关性分为三个模块，基因、突变、sCNA和结果，我们以CXCL12为例介绍这几个模块。

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可以看到得到的工具比之前更加强大，细胞类型比之前更丰富了，分析方法也更多样了。

在看TP53的突变分析结果

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mutation_table.jpg

结果也比之前更加丰富，信息量更大了。

其他两类都比较类似，就不再展示了，下面我们看一下肿瘤探索部分。

肿瘤探索

首先是一张经典的箱线图，延续了上一版本的风格：

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Cox回归分析：

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geneoutcome_table.jpg

分析突变与基因表达的关系，可以直接比较一个基因家族。

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CXCL12与CXCR4的相关性分析，可以看到多种肿瘤中存在正相关关系。

genecorr_table.jpg

最后免疫估计部分需要自己上传表达矩阵，我就不演示了，感兴趣的小伙伴可以自己摸索哦。

好了，今天的推文就到这里，我们下次再见吧。