2022-04-24

day3 Linux环境下软件安装 ——罗wb

Miniconda或conda可用于其他package的下载，相当于App store

安装和配置miniconda

miniconda安装.png

添加镜像所用代码

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度
把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

上述代码来自生信星球

查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）packages（以fastqc为例）

conda的应用.png

关于conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”(conda 环境）
参考自生信星球

注意事项

下载时需网速佳