Rosalind 023 Perfect Matchings and RNA Secondary Structures

背景

这个题目是关于RNA二级结构完美匹配的。题目给出了一个RNA字符串,要求计算在它的键合图中,有多少种可能的完美匹配。完美匹配是指在图中,每个节点都恰好与另一个节点相连,形成{A, U}或{C, G}的碱基对。

https://rosalind.info/problems/pmch/recent/

题目的要求是:

  • 给定:一个长度不超过80的RNA字符串,它的’A’和’U’的个数相同,'C’和’G’的个数相同。
  • 返回:在它的键合图中,完美匹配的总数。

题目的一个例子是:

  • 给定:AGCUAGUCAU
  • 返回:12

分析:

一个A能与一个U相连。三个A和U就有3!次搭配

例如:A1U1,A1U2,A1U3.A2U2,A2U3,A3U3

GC同理。

所以我们只要统计这个字符串中,A或U的个数,G或C的个数。再把他们的阶乘,乘起来,就是他们组合的个数。

from method import fasta #导入处理fasta格式的包
name_list,value_list = fasta("D:/pycharm/Rosalind/Data/rosalind_pmch.txt") 
seq = value_list[0]  #得到序列

def factorial(num):   #阶乘函数
    if(num == 0):
        return 1
    if num == 1:
        return 1
    return (num*factorial(num-1))


Anums = seq.count('A')
Gnums = seq.count('G')
print(factorial(Anums)*factorial(Gnums))

你可能感兴趣的:(生物信息,python,开发语言)