R Markdown 初涉

R Markdown使用方法笔记

高颜值

看了老大的bilibili视频中R视频最后一讲P33，知道了R Markdown这个东东，也就知道了为什么有时那些看起来颜值颇高的教程贴，就是说在R Markdown上生成的html报表中的图片都是同样大小。最主要的是可以生成包含所有文本、代码和输出的完整报告。

新建R Markdown

搜索后总结目前能用到的如下：

1.knitr::opts_chunk$set（） 全局设定，“（）”内加入参数就可以对整篇报告进行设置

2.如果希望代码用R的大于号提示符开始， 用选项prompt=TRUE。 如果希望结果不用井号保护， 使用选项comment=''。

3.tidy=TRUE可以自动重新排列代码段， 使得代码段格式更符合规范.

4.collapse=TRUE:一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中， 如果一个代码块希望所有的代码、输出都写到同一个原样文本块中， 加选项collapse=TRUE。

5.child='文件名.Rmd'可以调入另一个.Rmd文件的内容。如果有多个.Rmd文件依赖于相同的代码，可以用这样的方法。

6.echo = TRUE 同时显示代码块 + 结果。
echo = FALSE 不显示代码块，但显示结果。禁止代码出现在最终报告中，但不会禁止结果。为不想看到 R 代码的人 们编写报告时，就可以使用这个选项。

7.eval=FALSE, #可以使得代码仅显示而不实际运行。 这样的代码段如果有名字， 可以在后续代码段中被引用。

8.include=FALSE，可以运行代码，但不会在最终文档中显示代码和结果。如果不想让 setup 代码出现在报告中，就可以使用这个选项。

9.message = FALSE或warning = FALSE可以防止消息或警告出现在最终报告中。

10.results = 'hide'可以隐藏文本输出;fig.show = 'hide'可以隐藏图形输出。

11.error = TRUE在代码出现错误时仍然可以生成最终报告。在报告的最终版中，我们很少需要包括出错信息，但在调试 .Rmd 文件时，出错信息是非常有用的。如果使用 R 进行 教学活动，并特意想要包括出错信息的话，这个选项是非常有用的。如果使用默认设置 error = FALSE，那么即使只有一个错误，文档生成也会失败。

12.当R Markdown文章比较长，包含的R代码比较多， 或者代码段运行需要比较长时间时，反复编译整篇文章会造成不必要的计算，因为有些代码段并没有修改，依赖的数据也没有改变。 knitr提供了缓存功能， 代码段选项cache=TRUE对代码段打开缓存，允许暂存上次运行的结果（包括文本结果和图形）而不需要重复运行代码段。当代码段被修改时，缓存被放弃，编译时重新运行代码段。

13.缓存这种功能需要慎重使用，免得错误地使用了旧的结果。当后面的代码段需要使用前面代码段结果时，如果前面结果改了，后面的代码段就不能使用缓存的结果而必须重新计算。 为此， 在后面的代码段中应该加上dependson=选项，比如dependson=c('codeA', 'codeB')，其中codeA和codeB是前面的代码段的标签， 其结果会用在本代码段中。也可以使用代码段选项autodep=TRUE，knitr试图自动确定前后代码段之间的依赖关系，每当前面的代码段改变时， 后面的用到其结果代码段也自动重新计算而不使用缓存的旧结果。建议仅对计算一次需要较长时间的代码段使用缓存功能，后面依赖于其结果的代码一定要加上dependson=选项。因为缓存策略会逐渐变得复杂，所以应该定期使用 knitr::clean_cache()命令清除所有 缓存。

14.如果更喜欢用表格来显示数据，那么你可以使用knitr::kable函数

15.使用 out.width 控制输出图形的大小，并将其设置为行宽的百分比。默认设置为out.width = "70%"和fig.align = "center"。这种设置图形既不会占用过多空间，也不会显得太拥挤。如果想要让所有图形中的字体都保持一致大小，那么只要设置了 out.width，就同时还需要调整 fig.width，使其与默认 out.width 保持同样的比例。例如，如果默认fig.width为 6，out.width为 0.7，那么当设置out.width = "50%"时，你需要同时将fig.width 设置为 4.3(6*0.5/0.7)。

每个选项对输出的具体控制

一开始纠结生成的html报告怎么发在上呢搜索半天,其实将生成的html报表格式复制后，粘贴在上即可，还没发现有不一样的地方。亲试过。下面是一张举例子的极简易html报表。

参考：google搜索：R_文档输出_rmarkdown 第一个
【视频讲解】-使用rmarkdown来制作html报表

最后，隆重推荐生信技能树的一系列干货！

1. 生信技能树全球公益巡讲：https://mp.weixin.qq.com/s/E9ykuIbc-2Ja9HOY0bn_6g
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