小明的数据分析笔记本

文献笔记七十二：Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新工具

文章题目

Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes

期刊

frontiers in Genetics
25 September 2020
University of Helsinki

这个工具是一个shiny应用链接是 https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/ 应该是和IRscope同一拨人开发的

image.png

可以看到这个界面就很像。

主要功能是上传GB文件，画细胞器基因组的圈图，之前实现这个功能大部分人可能会使用 ORGDRAW这个工具 https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html。这个工具都是很长时间之前的了。细胞器基因组的研究可能相对关注的人少一点，基本很少有新的可视化工具出来。

这个shiny应用还挺好用的，直接上传genbank格式文件，就可以获得结果。如果是叶绿体基因组，还可以在图上显示反向重复区的信息。而且可以根据genbank文件直接自己判断是叶绿体还是线粒体。而且还可以添加额外的注释信息。具体应该如何准备这些额外的信息，比如基因表达量等等。等自己可能会用到的时候再来学习吧。

他还可以自己选配色

image.png

这个默认的配色我感觉还挺好看的，上面显示了颜色值，我们自己用R语言做图的时候可以直接使用这个颜色值。

结果图还挺酷炫的，下面是论文中的几幅配图

image.png

正在做细胞器基因组研究的可以考虑使用这个shiny应用重新画一下自己的圈图了。

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