小潤澤
小潤澤

CPM做差异分析

一般对于count数据做差异分析，我们通常优先选用edgeR或者DESeq，是因为这两个软件更容易接受整型的matrix，那么count matrix显然符合我们的要求，那么如果是TPM，FPKM，CPM，RPKM的输入，那么我们更推荐于limma来做差异分析，limma是专注于芯片数据分析的

我们可查看limma guidebook的第70页到73页，上面的例子是基于CPM来做差异分析的

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