10x 空间转录组最新文献集锦

2021年是空间转录组技术蓬勃发展的一年，应用空间转录组技术的文章也不断涌现，小诺挑选了6篇文章进行分享，内容涵盖了发育生物学、肿瘤学、免疫学、神经学等领域，让我们一起来看一看吧！

文章一

标题：单细胞时空转录组学鉴定胎肝中HSC/MPP扩增单位

发表期刊：Cell Research

发表时间：2021年8月

影响因子：25.617

研究对象：小鼠胚胎肝脏组织

研究内容：本文作者通过单细胞转录组及空间转录组技术，构建了小鼠胎肝(FL)的时空转录组图谱，发现了新的HSC/MPP “口袋样”单位，其主要由生态位细胞（肝母细胞、基质细胞、内皮细胞和巨噬细胞）组成，并富含生长因子，其中巨噬细胞和生长因子(MDK、PTN和IGFBP5)促进了HSC/MPP的扩增。通过跨物种分析和功能验证表明，小鼠和人类胎肝组织的HSC/MPP之间存在保守的细胞间相互作用和扩增机制，但转录组特征存在差异。这些结果为胎肝中HSC/MPP的发生发展及体外扩增提供了新见解。

文章二

标题：通过表达N-Cadherin 2的上皮细胞亚群预测膀胱癌对多种治疗方式的反应

发表期刊：Nature Communications

发表时间：2021年8月

影响因子：14.919

研究对象：人膀胱癌组织

研究内容：手术前进行新辅助化疗和免疫检查点治疗使膀胱癌的治疗有了更多的可能性，但是如何从这些方式中找到对应获益最大的患者群在临床上仍是一个挑战。研究人员通过单核RNA测序、空间转录组学以及空间蛋白质组学分析人类膀胱癌，确定了一个具有治疗反应预测能力的上皮细胞亚群，这些细胞表达Cadherin 12、连环蛋白和其他上皮细胞标志物，通过肿瘤CDH12富集进行患者分群能提供更好的预后预测，本研究也为临床标志物的筛选提供了一个框架。

文章三

标题：空间图谱揭示人脂肪细胞亚群对胰岛素具有不同的敏感性

发表期刊：Cell Metabolism

发表时间：2021年8月

影响因子：27.287

研究对象：人脂肪组织

研究内容：细胞异质性和结构对白色脂肪组织(WAT)功能的贡献尚不清楚。本文作者结合单细胞RNA测序及空间转录组测序分析绘制了人类白色脂肪组织的组成和结构，并从中鉴定了18种细胞类型，其中3种是大小相似、但空间定位及转录谱不同的成熟脂肪细胞，这些细胞显示出对胰岛素的不同反应，通过高胰岛素-正糖钳夹技术在体内刺激胰岛素，发现只有一种脂肪细胞AdipoPLIN对胰岛素表现出转录应答，证实了研究人员的观察。

文章四

标题：小鼠脑内神经炎性星形胶质细胞亚型

发表期刊：Nature Neuroscience

发表时间：2021年8月

影响因子：24.884

研究对象：小鼠脑组织

研究内容：本研究中作者利用细菌细胞壁内毒素脂多糖，研究小鼠皮质星形胶质细胞在急性炎症刺激后转录组的变化。作者通过单细胞转录组测序对约80,000个星形胶质细胞进行分析，发现炎症引起广泛的反应，星形胶质细胞的亚型通过明确的转录组谱经历不同的炎症转变。随后作者利用空间转录组学和原位杂交技术，确定了炎症诱导的反应性星形胶质细胞位于大脑的特定区域。本研究为星形胶质细胞异质性分析提供了强大的资源，且有助于理解区域性星形胶质细胞亚状态的生物学重要性。

文章五

标题：人乳腺癌的单细胞空间图谱

发表期刊：Nature Genetics

发表时间：2021年9月

影响因子：38.33

研究对象：人乳腺癌组织

研究内容：乳腺癌拥有复杂的细胞生态系统，但是人们对乳腺癌的细胞组成的认知有限。本文作者提出了一种单细胞和空间分辨率的人类乳腺癌转录组分析。开发了内在亚型(SCSubtype)的单细胞方法来揭示复发性肿瘤细胞的异质性。研究人员发现了新的与临床结果相关的PD-L1/PD-L2+巨噬细胞群，以及间充质细胞在三个主要谱系中的不同功能和细胞表面蛋白表达。最后研究人员利用单细胞特征对大量乳腺癌队列进行解卷积，将乳腺癌分为了九组生态型，每种生态型都具有独特的细胞组成和临床结果。

文章六

标题：NLRP3炎性小体介导血管炎中的免疫-基质相互作用

发表期刊：Circulation Research

发表时间：2021年9月

影响因子：17.367

研究对象：小鼠心脏组织

研究内容：NLRP3的激活和IL-1β的产生与川崎病(KD)的发病机制有关，但是在心血管疾病中涉及的分子网络和细胞亚群的详细特征仍然缺乏。研究人员在一个KD血管炎小鼠模型中，使用单细胞RNA测序和空间转录组学来确定炎症血管组织的细胞图谱，发现小鼠KD心血管病变中固有免疫细胞和适应性免疫细胞的浸润，与NLRP3和IL-1β的表达增加有关。研究揭示了在小鼠KD心血管病变中参与IL-1β产生和信号转导的细胞多样性，并为靶向NLRP3以抑制KD相关心血管病变的治疗策略提供了理论依据。