[Zotero][Obsidian] Obsidian及插件安装 | 与Zotero联动

Obsidian：基于Markdown文件的本地知识管理软件。

官网：https://obsidian.md/
设置-关于-语言，更改语言。
设置-外观-主题，更改外观。

1. Obsidian安装插件

设置-第三方插件-安全模式，关闭，然后进行手动安装插件。
因为下方的插件社区，有些插件，博主找不到，有些可以直接安装，所以更加推荐手动安装插件。

手动安装插件：
打开创建库时存放文件夹的地址，里面有个.obisidian文件夹，在其中新建plugins文件夹，后续将下载的插件放到plugins文件夹中即可。

然后在主界面，ctrl+p，输入“加载”，然后在 设置-第三方插件中，将相应插件打开即可。

后续更换设备的时候，只需要将整个自己命名的文件夹移动到新设备，并打开相应工作空间，重加加载即可，无需重新配置。

在网上找第三方插件的时候，找/releases中的.zip安装包，然后将解压后的文件放到/plugins即可。

如果没有.zip文件（实际包含的就是.js, .json, .css文件），分别下载相应文件，自建文件夹即可。

2. Zotero安装插件

准备好Obsidian及相应插件之后，需要在Zotero也安装相应插件，实现联动。
Zotero中，工具-插件，然后将.xpi文件直接拖动到如下界面即可。

3. 实现联动需要的插件

1. 【Zotero】better-bibtex
   https://github.com/retorquere/zotero-better-bibtex/releases/tag/v6.7.16

2. 【Zotero】markdb-connect
   https://github.com/daeh/zotero-markdb-connect/releases

3. 【Obsidian】Bibnotes Formatter
   https://github.com/stefanopagliari/bibnotes/releases

说明：

上述2实现Zotero到obsidian（文献到笔记）的跳转。
在具有笔记的文献上，右键，选择Open Markdown Note即可。

配置

1. 【Zotero】导出文献
   Zotero相关插件安装后，可在工具中查看到。
   
   选择希望导出的文献，右键 导出文献库：
   
   注意格式，导出笔记即可，导出文件的话太大了。（例如导出file.json）

2. 【OBsidian】将Zotero中导出的文献引入，并创建笔记模板
   在ob库中，建立zotero一级文件夹，并建立json、notes、attachments二级文件夹，并将上个步骤导出的file.json文件放到/zotero/json文件夹中。
   

下述为关键步骤，实现联动。
在BibNotes Formatter插件中进行设置。

参考模板如下：

# {{title}}

## Tags and Collections
- **Keywords**: {{keywordsAll}}
- **Collections**: {{collectionsParent}}
- **Local Library**: [Zotero]{{localLibraryLink}}

----

## Comments
{{UserNotes}}


----

## Extracted Annotations
{{PDFNotes}}

上述模板可以在生成的模板中实现Obsidian到Zotero（笔记到文献）的跳转，如果无法直接点击跳转，可以把链接后的ID输入到Zotero的搜索框中进行文献定位，也可实现定位：

或者，在连接两端加入两个框，可以实现直接跳转：

两个注意点：

1. 建议直接导出整个文库的json文件，并勾选Keep Updated选项，后续增加到文库中的文献也可时时同步；否则后续BibTex Key的时候可能检索不到。
2. 这里是相对路径，到ob库的一级文件夹即可，以及注意是 左斜杠（从windows文件夹直接复制路径的时候是右斜杠）。

另外，Bibnotes Formatter插件默认使用电脑自带的PDF阅读器打开PDF文件，因此需要对插件做一定的修改。
找到Bibnotes Formatter插件中的main.js文件中的createLocalFileLink函数，并替换为如下代码即可。

function createLocalFileLink(reference2) {
  if (reference2.attachments.length == 0)
    return "{{localFile}}";
  const filesList = [];
  for (let attachmentindex = 0; attachmentindex < reference2.attachments.length; attachmentindex++) {
    if (reference2.attachments[attachmentindex].itemType !== "attachment")
      continue;
    // if (reference2.attachments[attachmentindex].path == void 0) {
    //   reference2.attachments[attachmentindex].path = "";
    // }
    // const attachmentPathCorrected = reference2.attachments[attachmentindex].path.replaceAll(" ", "%20");
    // const selectedfile = "[" + reference2.attachments[attachmentindex].title + "](file://" + attachmentPathCorrected + ")";
    if (reference2.attachments[attachmentindex].uri == void 0) {
      reference2.attachments[attachmentindex].uri = "";
    }
    const selectedfileUri = reference2.attachments[attachmentindex].uri
    const attachmentKey = selectedfileUri.split('/')[selectedfileUri.split('/').length - 1]
    selectedfile = "[" + reference2.attachments[attachmentindex].title + "](zotero://select/library/items/" + attachmentKey + ")";
    if (reference2.attachments[attachmentindex].title.endsWith('pdf')) {
      selectedfile = selectedfile.replaceAll("zotero://select/","zotero://open-pdf/");
    }
    filesList.push(selectedfile);
  }
  const filesListString = filesList.join("; ");
  return filesListString;
}

3. 【Zotero】将Obisidian中的笔记文件链接进来。
   可以发现这里填写的是绝对路径（从电脑哪个盘开始写），刚刚在Obisidian中填写的是相对路径（从一级文件夹zotero开始写就行）
   
   到这里就所有插件都安装、配置完毕。
   补充：上述页面是点击这里得到的：
   

4. 联动使用

ctrl+p，输入bib，选择Create/Update Literature Note，会出现文库中的多个文章，说明联动成功。

小Tips

由于Create/Update Literature Note的时候，文章格式不统一。因此为了更快定位到文献，可以首先在Zotero中，选定需要做笔记的某篇文献，右键选择Change BibTeX key… 自定义文献标签。

在Zotero右侧信息处会得到自定义的BibTeX key。

后续在Obsidian中检索的时候可以快速找到这篇文章。

补充：
【Obsidian】Bibnotes Formatter 这个插件很重要，只有这个插件，才能实现Obsidian中，ctrl+p快捷键之后，搜索bib，出现下述页面。并确保在“第三方插件”中，将插件处于打开状态，并ctrl+p，搜索“加载”重新加载后使用。

另外，文件夹整体结构如下：
根目录是Obsidian，下述包含/.obsidian（包含/plugins（存放插件文件夹，每个插件文件夹包含.js，.json，.css文件）和/themes（存放外观主题 .css文件）和/Zotero（包含/attachments（存放图片等附件），/json（存放zotero中导出的 我的文库.json文件），/notes（存放各个笔记 .md文件），也可以把/attachments放在该文件夹下，可另外设置路径。）

在更换电脑时，可以把\Obsidian文件夹下的内容全部拷贝（插件、主题、笔记、附件），后续进行相应的路径配置，即可再次实现联动。注意配置好上述内容后，需要在Obsidian中重新选择工作空间时，选择/Obsidian根目录，将全部的内容包含进来，否则无法正确加载插件。

补充1：

换新设备的时候，还是比较方便的。
Obsidian部分基本整个文件夹复制，然后重新加载即可。
Zotero部分多一些，插件需要重新安装一下，【将Obisidian中的笔记文件链接进来】这一步骤重新复制一下即可；还有如果设置了坚果云同步，也需要和之前的同步账号保持一致。
因为之前zotero导出的文献在obsidian的文件夹内，且保持同步，可以不必重新导出；如果发现无法更新，也可重新导出覆盖。

参考：

1. 科研生产力：Obsidian入门教程：https://www.bilibili.com/video/BV1uL411F72v/?spm_id_from=333.788&vd_source=c8fe2d821b332633fd5888dbd0beea70
2. Obsidian如何安装插件(官方和第三方)：https://www.v1tx.com/post/how-to-install-obsidian-plugins/
3. 10款好用的Obsidian插件推荐：https://www.v1tx.com/post/best-obsidian-plugins/
4. Zotero入门——安装插件：https://blog.csdn.net/plmxu34/article/details/125115829
5. Obsidian：一款完美的科研笔记/知识管理软件：https://zhuanlan.zhihu.com/p/349638221
6. 插件功能详解——Zotero和Obsidian联动最优解决方案：Better BibTex+BibNotes Formatter+Zotero Obsidian Citations：https://zhuanlan.zhihu.com/p/483844415
7. 最新zotero与obsidian联动教程（可代替citations和mdnotes）：https://blog.csdn.net/qq_43309940/article/details/125150487
8. 科研生产力：Obsidian入门教程：https://www.bilibili.com/video/BV1uL411F72v/?spm_id_from=333.788&vd_source=c8fe2d821b332633fd5888dbd0beea70