R语言【paleobioDB】——pbdb_map_richness()：通过化石分布记录，创建一个RasterLayer对象，和一个显示科、属、种等分类阶元丰富度的图

  Package paleobioDB version 0.7.0

paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。

可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。

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Usage

pbdb_map_richness (data, rank="species", do.plot=TRUE, res=5,
col.int="white", col.ocean="black",
col.rich=c("light blue","blue"),...)

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Arguments

参数【data】：输入的数据，数据帧格式。可以通过 pbdb_occurrences() 函数 传参 show = c("phylo", “coords”, "ident") 获得数据。

参数【rank】：设置计算丰富度的分类阶元。可选项包括：“species”，“genus”，“family”，“order”，“class” 和 “phylum”。

参数【do.plot】：逻辑值。如果为 TRUE，返回一个 RasterLayer 和一个图像。

参数【res】：RasterLayer 对象的分辨率（以度为单位）。详见 raster。

参数【col.int】：大陆的颜色。

参数【col.ocean】：大洋的颜色。

参数【col.rich】：两种及以上颜色。用来在地图上通过渐变色展示丰富度。

参数【...】：其他参数。详见 par 和 map。

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Details

使用 pdbd_occurrences() 函数时必须传入 show=“coords”。

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Value

返回一个 RasterLayer 对象，和一个显示分类等级丰富度的图像。RasterLayer 对象的分辨率由 参数【res】 控制。默认的分辨率为 1。

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Example

data<- pbdb_occurrences (limit=1000, vocab= "pbdb", base_name="mammalia",
show=c("phylo","coords","ident"))
X11(width=13, height=7.8)
pbdb_map_richness (data,res=8,rank="genus")
pbdb_map_richness (data,res=8,rank="family")
## to obtain the raster file and not plot the map
pbdb_map_richness (data,res=8,rank="family",do.plot=F)

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Page

function (data, rank = "species", do.plot = TRUE, res = 5, col.int = "white", 
    col.ocean = "black", col.rich = c("light blue", "blue"), 
    ...) 
{
    if (!any(rank == c("species", "genus", "family", "order", 
        "class", "phylum"))) {
        stop("Invalid rank name. Use: \"species\", \"genus\", \"family\", \"order\", \"class\" or \"phylum\".\n             See \"pbdb_map_richness\" help page")
    }
    if (sum(colnames(data) %in% c("lat", "lng", "genus", "family", 
        "order", "class", "phylum", "mid", "fml", "odl", "cll", 
        "phl")) != 7) {
        stop("Invalid data input. Use in \"pbdb_occurrences\" function the argument: show=c(\"phylo\",\"coords\",\"ident\"). e.g. pbdb_occurrences(..., show=c(\"phylo\",\"coords\",\"ident\")).\n             See \"pbdb_map_richness\" help page")
    }
    if (rank == "species") {
        r <- .extract.rank.specie(data, res)
    }
    else {
        r <- .extract.rank.all(data, res, rank)
    }
    if (do.plot == TRUE) {
        .plot.Raster.rich(r, col.rich, col.ocean, col.int, res, 
            ...)
        mtext(paste("Richness of", rank), 4, line = -1, cex = 2)
    }
    r
}