迭代式提示词优化用于从ChatGPT中挖掘基因关系

迭代式提示词优化用于从ChatGPT中挖掘基因关系_第1张图片

使用ChatGPT挖掘基因关系

    作者如何利用大型语言模型(LLM)从生物医学文献中提取基因关系和生物通路的方法。作者首先使用了KEGG Pathway Database1作为基准数据集,包含了大约300种生物通路和9000种基因关系。然后,作者使用了多种提示词策略,来提高模型的准确性和效率。提示词策略是一种利用人类知识和语言规则来指导模型生成合理的输出的技术。作者使用了以下几种提示词策略:

使用GPT-4进行迭代提示优化


    作者利用GPT-4的高级能力,设计了一个迭代提示优化的算法,通过引入元提示词(meta-prompt),指导GPT-4根据前一轮的性能指标(如F-1分数)来改进提示词,使用了一些高级推理技术,如链式思维和树状思维,来提高提示词的质量和适应性。元提示是一种用于生成提示的提示词,可以让模型自我反馈和自我调整,从而实现动态的提示词优化。作者使用了以下几种元提示:

探索复杂的基因关系


    作者尝试挖掘复杂的基因相互作用,如基因交互链和与疾病相关的基因通路。作者使用了“由少到多”(LtM)的提示词技术,将复杂的问题分解为一系列更容易处理的子问题,逐步提供给模型,从而提高了模型的覆盖率和深度。作者使用了以下几种LtM提示词技术:

    • 角色提示词(Role Prompt):这种提示词策略是在输入中加入一些特定的词语,来表示基因之间的关系类型,如“激活”、“抑制”、“表达”等。这样可以帮助模型更好地理解输入的意图和输出的格式。

    • 少样本提示词(Few-Shot Prompt):这种提示词策略是在输入中加入一些已知的基因关系的例子,来作为模型的参考。这样可以帮助模型学习到基因关系的一般规律和特征,从而提高模型的泛化能力。

    • 链式思维提示词(Chain Reasoning Prompt):这种提示词策略是在输入中加入一些中间的基因节点,来构成一个基因交互链。这样可以帮助模型进行更深层次的推理,从而发现更复杂的基因关系。

    • 性能反馈元提示(Performance Feedback Meta-Prompt):这种元提示词是在每一轮的输出中加入一个性能指标,如F-1分数,来评估模型的表现。这样可以让模型知道自己的优劣,从而调整自己的输出。

    • 链式思维元提示(Chain Reasoning Meta-Prompt):这种元提示词是在每一轮的输出中加入一个中间的基因节点,来构成一个基因交互链。这样可以让模型进行更深层次的推理,从而发现更复杂的基因关系。

    • 树状思维元提示(Tree Reasoning Meta-Prompt):这种元提示词是在每一轮的输出中加入一个树状的基因结构,来表示一个基因通路。这样可以让模型进行更广泛的搜索,从而发现更多的基因关系。

    • 基因交互链(Gene Interaction Chain):这种LtM提示词技术是将一个长的基因交互链分解为多个短的基因交互链,然后逐个提供给模型,让模型逐步推理出整个基因交互链的关系。

    • 基因通路(Gene Pathway):这种LtM提示词技术是将一个复杂的基因通路分解为多个简单的基因通路,然后逐个提供给模型,让模型逐步推理出整个基因通路的结构。

    • 疾病相关基因(Disease-Related Gene):这种LtM提示词技术是将一个与疾病相关的基因集合分解为多个与疾病相关的基因子集,然后逐个提供给模型,让模型逐步推理出与疾病相关的基因关系和作用。

大语言模型(LLM)|ChatGPT相关文章(以下点击可阅读):

AI超大模型!一个午休就能读完20万篇论文、提取信息完成生物数据库更新!

ChatGPT一周年:AI如何改变医疗健康领域的未来?

两篇Nature:AI实现新材料的快速合成!17天独自创造41种新材料

什么?写提示词就能发医学高分论文!北京大学肿瘤医院:《高级提示词作为催化剂:增强大型语言模型在胃肠道癌症管理中的作用》

顶刊 | 解放军总医院:基于生成对抗网络的主动脉和颈动脉非造影 CT 血管造影

Nature:AI 如何重塑科研范式

GPT-4V在医疗领域全面测评(178页,128个案例)

目前最好的医疗大语言模型居然是……

医疗AI与GPT | 梳理全球医疗大模型

AI大语言模型在医学文本提取结构化信息中的应用

1个小时利用ChatGPT完成神经外科领域的完全虚构的论文!AI写论文的逼真程度令人震惊

精选32篇AI大模型&GPT+医学的论文(免费领取)

以色列一对师生借助ChatGPT,1小时完成1篇论文糖尿病论文

利用ChatGPT,这位医生4个月内完成16篇论文,且已发表5篇!医生科研开启加速模式!

Nature新规:用ChatGPT写论文可以,列为作者不行

AI论文 | ChatGPT在放射医学领域的应用探索

AI论文 | ChatGPT在医学中的应用概述:应用、优势、局限性、未来前景和伦理思辨

AI论文 | GPT-4 对诊断罕见眼病有什么作用?

AI论文 | 从临床和科研场景分析ChatGPT在医疗健康领域的应用可行性

AI论文 | ChatGPT可以撰写研究文章吗?以人群层面疫苗有效性分析为例

北医三院:ChatGPT用于用药咨询行不行?

北京协和医院:大型语言模型在重症医学中的应用与挑战

ChatGPT在PubMed上的发表数量超过1000篇:展望未来之路

Nature:大语言模型构建的AI医生,比人类医生更出色

GPT辅助论文降重教程,100%降至13%(实用指令,赶紧收藏)

国自然基金委:在各科学部设立科普类项目!面青地等将科普成果列入项目成果;资助强度较大项目,应围绕项目开展科普工作

2023年国自然医学科学学部人工智能及大模型相关课题项目汇总

科研之心,致力于探索AI大模型与科研结合。科研之心为您提供最新的AI资讯、最实用的AI工具、最深入的AI分析,帮助您在科学研究中发掘AI的无限潜力。

欢迎关注,保持交流!

你可能感兴趣的:(AI助力科研,chatgpt,人工智能)