转录组测序1-测序原始数据说明

    转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。

    本节视频是第1讲，从测序原始下机数据开始讲起。样品制备到产出测序数据过程，是RNA提取建库和测序的试验环节。在使用Illumina系列的仪器进行测序后，测序下机数据以fastq文件存储，称为raw data（或raw reads），记录了转录组RNA序列的碱基组成信息。

本节内容要点包括：

（1）如何查看fastq文件；

（2）fastq文件的基本格式，每一行的主要信息；

（3）如何在fastq文件中评估碱基质量，代表碱基质量的ASCII值和单碱基测序错误率之间怎样换算；

（4）N碱基代表什么，常说的Q20、Q30等与测序质量间存在怎样的关系，一般它们多少时代表测序质量是合格的；

（5）为什么一个样本对应R1和R2两个fastq文件，什么是双端测序。

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视频教程：

纪伟讲测序1-测序原始数据说明

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