R根据经纬度提取气候因子

关键词：R语言 经纬度 气候因子 worldclim

1.用R直接从全球生物多样性信息网络(GBIF)获取物种地理分布数据

见赖江山博文 http://blog.sciencenet.cn/blog-267448-1047946.html   需要注意，GBIF数据库物种鉴定信息不够准确，还需核实，或者找到更准确的地理信息来源（本文数据来源于目标物种的专业书籍）。

library(dismo)

Xishu= gbif("Abies", "firma")

head(Xishu)

XSgeo <- subset(Xishu, !is.na(lon) & !is.na(lat))

dim(XSgeo)

dups <- duplicated(XSgeo[, c('lon', 'lat')])#remove duplicated record

XSfin=XSgeo[!dups,]

dim(XSfin)

2.根据经纬度提取气候因子

（1）读入经纬度数据,并删除重复，删除存在NA值的行

geo=read.csv("geo,csv")  #三列表格，依次为：taxon/lat/lon

na.omit(geo)

geoX=subset(geo,!is.na(lat) & !is.na(lon))#删含有NA的行，na.omit(geo) 

dups=duplicated(geoX[,c('lon','lat')])

geoXX=geoX[!dups]#删除重复行

(2)安装包及下载worldclim数据

install.packages("raster")#注意R版本，R3.6会失败，R3.5可以

library(raster)

r <- getData("worldclim",var="bio",res=10) #var="bio" /"tmin" /等分别为19个气候因子或最低温 ，res=0.5 /5/10

res：resolutions，空间分辨率，经纬度1度约为111km（赤道附近），1度=60分=3600秒，1分=111/60=1.86km。res=0.5=30秒=~1km*1km，res=10分=18.6km*18.6km=344km2。