GEO数据挖掘学习笔记二

学习教程来源于《手把手教你GEO数据库差异基因分析》

本次学习笔记内容为通过GEO2R在线工具进行差异基因分析

通过了解，个人觉得这个方法相比R语言的优势是更普适性，以及更加“傻瓜”，方便学不明白R语言的同学。

第一步：同R语言，找到相关的数据集

第二步：点进页面详情，进行GEO2R在线分析

第三步：选择分组信息，点击分析

第四步：下载数据，得到差异基因数据集，如果仅得到差异基因即可，可不进行后续操作。

第五步：下载基因表达矩阵，查看矩阵信息，打开文档，将多余信息删除，留下geneid和各样本表达量

第六步：通过excel可以筛选logFC>1或者<-1得基因，并可以筛选P<0.05得基因，本步可将无名字得基因数据筛出后删除，清除无效信息即重复信息

第七步：重点 用excel打开数据，将差异基因得geneid和genesymbol复制粘贴于表达矩阵得excel中，通过=vlookup(“geneid那列”2,$A$2:$$表达量得最后一列$样本量，2，FALSE)#这个命令就是通过将表达矩阵中得geneid与差异基因中得geneid匹配，进而将genesymbol与样本表达量匹配起来，得到数值后下拉全部框自动充填，同一方法重复全部样本。就此得到与genesymbol匹配得表达矩阵。#这个方法相比R语言更加好懂，更普适，但麻烦得多，适合刚开始接触得同学，有追求得同学可以去尝试R语言，更加方便。